Migrate from npx skills to Dart skills package for skills management

Sub-issue of #201. Migrate skills management away from npx skills (.npmrc, skills-lock.json) to use the native Dart skills package.

親 issue #201 から始め、リポジトリの .npmrc と skills-lock.json の参照を調査し、続いてネイティブな Dart skills package が npx skills をどのように置き換える想定なのかを特定します。skills の管理が npx skills に依存しなくなり、既存の移行アーティファクトに対処できれば完了です。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。