Propietario

NVIDIA-BioNeMo

9 repositorios indexados · Ver en GitHub

bionemo-recipes
BioNeMo Recipes: For building and adapting AI models in drug discovery at scale

Python · 857 estrellas
bionemo-agent-toolkit
Turn any agent into a life science expert with NVIDIA BioNeMo skills.

Python · 462 estrellas
Proteina-Complexa
Generative model for protein binder design for protein and small molecule targets. Combines a pretrained flow-based generative model (bui...

Python · 432 estrellas
nvMolKit
A high-performance, GPU-accelerated library for key computational chemistry tasks, such as molecular similarity, conformer generation, an...

Cuda · 276 estrellas
KERMT
KERMT is a pretrained graph neural network model for molecular property prediction.

Python · 99 estrellas
RNAPro
RNAPro is a state-of-the-art RNA 3D folding model developed in collaboration with the hosts and winners of the Stanford RNA 3D Folding Ka...

Python · 98 estrellas
BioNeMo-Inference-Runtime
Easy, fast, and memory-efficient structure prediction inference

Python · 60 estrellas
boltz-cp
Context Parallelism Code for Boltz-2

Python · 59 estrellas
cuik-molmaker
cuik-molmaker is a specialized package designed for molecular featurization, converting chemical structures into formats that can be effe...

C++ · 36 estrellas

Para principiantes Todo

Abierto Todos

BatchMolGraph padding makes inference embeddings depend on batch composition Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

NVIDIA-BioNeMo/KERMT#31 · Abierto el 17/9/2026
Feature request: expose reproducibility metadata and full interface confidence for structure NIMs Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 42/100

NVIDIA-BioNeMo/bionemo-agent-toolkit#33 · Abierto el 15/9/2026
v1.0 Cleanup Requirements Abierto

Low Priority

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

NVIDIA-BioNeMo/nvMolKit#305 · Abierto el 14/9/2026
Enable clang-tidy builds again Abierto

Cleanup

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

NVIDIA-BioNeMo/nvMolKit#302 · Abierto el 11/9/2026
protenix-v2 has no end-to-end pipeline Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

NVIDIA-BioNeMo/BioNeMo-Inference-Runtime#5 · 2 comentarios · Abierto el 11/9/2026
Numpy dtype changes pointer when pickling causing pointer comparison to fail in `compute_atom_dim` Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

NVIDIA-BioNeMo/cuik-molmaker#6 · Abierto el 2/9/2026
All-in-one ETKDG Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 38/100

NVIDIA-BioNeMo/nvMolKit#287 · Abierto el 1/9/2026
Investigate non-RDKit Clustering methods Abierto

enhancement

NVIDIA-BioNeMo/nvMolKit#286 · 1 asignado · Abierto el 1/9/2026
[ALERT] Access to NVIDIA's Self-Hosted Runners is Expiring Abierto

nvidia-runners

Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 35/100

NVIDIA-BioNeMo/bionemo-recipes#1726 · Abierto el 30/8/2026
Explore lower precision for BFGS/FIRE/forcefields Abierto

enhancement

NVIDIA-BioNeMo/nvMolKit#266 · 1 asignado · Abierto el 19/8/2026
Flaky test: CUDA error: initialization error in DataLoader workers (esm2_native_te) Abierto

bug ESM2

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

NVIDIA-BioNeMo/bionemo-recipes#1698 · Abierto el 29/7/2026
Cyclicpeptide design Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

NVIDIA-BioNeMo/Proteina-Complexa#58 · Abierto el 22/7/2026
The generated proteins from the motif scaffolding example are bad Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

NVIDIA-BioNeMo/Proteina-Complexa#56 · 2 comentarios · Abierto el 15/7/2026
DDP finetuning relies on `find_unused_parameters=True`, masking dead pretrain-head parameters Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

NVIDIA-BioNeMo/KERMT#23 · Abierto el 13/7/2026
Cannot run on RTX 6000 / Blackwell (sm_120): pinned CUDA 12.6 + JAX 0.4.29 stack is incompatible Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

NVIDIA-BioNeMo/Proteina-Complexa#54 · Abierto el 11/7/2026
[Feature] Inference-side PTQ / weight-compression recipe for bio models (ESM-2 / Geneformer / Evo2) — wanted? where should it live? Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

NVIDIA-BioNeMo/bionemo-recipes#1681 · Abierto el 11/7/2026
which PLINDER release matches plinder_valid_ids.txt? Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

NVIDIA-BioNeMo/Proteina-Complexa#52 · Abierto el 6/7/2026
Binder generation dies on FP64 torch.prod Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 72/100

NVIDIA-BioNeMo/Proteina-Complexa#51 · Abierto el 5/7/2026
Contribution policy — third-party hosted inference endpoints in nim-skills Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

NVIDIA-BioNeMo/bionemo-agent-toolkit#5 · 2 comentarios · Abierto el 4/7/2026
[BUG] Evo2 doesnt work in Bionemo V3.0.0 Abierto

bug

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 38/100

NVIDIA-BioNeMo/bionemo-recipes#1669 · 1 comentario · Abierto el 1/7/2026
Question: Does changing target_hotspots affect binder generation? Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 38/100

NVIDIA-BioNeMo/Proteina-Complexa#50 · Abierto el 29/6/2026
Non-standard amino acid Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

NVIDIA-BioNeMo/Proteina-Complexa#49 · Abierto el 19/6/2026
[Feature] Reflect vortex prefill improvements from PR 77 Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

NVIDIA-BioNeMo/bionemo-recipes#1647 · Abierto el 16/6/2026
[Proteina-Complexa] Setup docs overstate required credentials and mislabel DATA_PATH Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 72/100

NVIDIA-BioNeMo/Proteina-Complexa#48 · Abierto el 15/6/2026
[Proteina-Complexa] Skills lack a \"Limitations\" section (model scope is unstated) Abierto

Dificultad 1/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 78/100

NVIDIA-BioNeMo/Proteina-Complexa#47 · Abierto el 15/6/2026
[Proteina-Complexa] `target_schema.md` field documentation is inaccurate Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 84/100

NVIDIA-BioNeMo/Proteina-Complexa#46 · Abierto el 15/6/2026
[Proteina-Complexa] `complexa validate target` reports false failures for valid targets Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 76/100

NVIDIA-BioNeMo/Proteina-Complexa#45 · Abierto el 15/6/2026
[Proteina-Complexa] Local finetune crashes: SkipNanGrad incompatible with the fp16 GradScaler Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 52/100

NVIDIA-BioNeMo/Proteina-Complexa#44 · Abierto el 15/6/2026
[Proteina-Complexa] Sweep inf_* configs crash at evaluate (generate/evaluate path mismatch) Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 68/100

NVIDIA-BioNeMo/Proteina-Complexa#43 · Abierto el 15/6/2026
[Proteina-Complexa] Fresh UV env installs a torchaudio incompatible with torch → import crash Abierto

Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 88/100

NVIDIA-BioNeMo/Proteina-Complexa#42 · Abierto el 15/6/2026
[Feature] Support `.obsm` arrays in `SingleCellMemMapDataset` for spatial transcriptomics Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 42/100

NVIDIA-BioNeMo/bionemo-recipes#1577 · Abierto el 21/5/2026
Missing complexa_cat.ckpt for fold class conditioned binder generation Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 52/100

NVIDIA-BioNeMo/Proteina-Complexa#37 · 4 comentarios · Abierto el 13/5/2026
RTX 5090 (sm_120) not supported - PyTorch cu126 incompatible with Blackwell architecture Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

NVIDIA-BioNeMo/Proteina-Complexa#36 · 1 comentario · Abierto el 13/5/2026
RNA training omits O2' atom — predicted 2'-OH positions are non-physical Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 65/100

NVIDIA-BioNeMo/RNAPro#4 · 1 comentario · Abierto el 29/4/2026
MFU tracking: `pad_to_multiple_of` path inflates useful-work Σ(Lᵢ²) by the mock-sequence contribution Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 38/100

NVIDIA-BioNeMo/bionemo-recipes#1561 · Abierto el 24/4/2026
[Feature] Support loading & writing zarr files in scdl Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 52/100

NVIDIA-BioNeMo/bionemo-recipes#1560 · Abierto el 22/4/2026
Question about motif + ligand scaffolding Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

NVIDIA-BioNeMo/Proteina-Complexa#32 · 4 comentarios · Abierto el 15/4/2026
Question on GPU resources for training and inference Abierto

question

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

NVIDIA-BioNeMo/Proteina-Complexa#31 · Abierto el 13/4/2026
Missing train configs/yamls Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 48/100

NVIDIA-BioNeMo/Proteina-Complexa#30 · Abierto el 9/4/2026
Binder Redesign (as in Section 8) Abierto

question

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

NVIDIA-BioNeMo/Proteina-Complexa#26 · Abierto el 7/4/2026
Fork adapted to Mac users, now available Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

NVIDIA-BioNeMo/Proteina-Complexa#24 · Abierto el 5/4/2026
Residue numbers of motif Abierto

enhancement

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 35/100

NVIDIA-BioNeMo/Proteina-Complexa#23 · 1 comentario · Abierto el 5/4/2026
Masked target structure support Abierto

question

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

NVIDIA-BioNeMo/Proteina-Complexa#9 · 4 comentarios · Abierto el 19/3/2026
Support and performance optimization for Hopper (H200) architecture? Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

NVIDIA-BioNeMo/boltz-cp#1 · 2 comentarios · Abierto el 18/3/2026
Wet lab data availability Abierto

question

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

NVIDIA-BioNeMo/Proteina-Complexa#1 · 1 comentario · Abierto el 17/3/2026
[BUG] Investigate non-determinism in evo2 recipe data preprocessing script and/or test Abierto

bug

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 32/100

NVIDIA-BioNeMo/bionemo-recipes#1493 · 1 comentario · Abierto el 4/3/2026
Molecules clustering code (PCA and K-means) for training datasets: Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

NVIDIA-BioNeMo/KERMT#3 · 4 comentarios · Abierto el 6/1/2026
make cuik-molmaker optional Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

NVIDIA-BioNeMo/KERMT#2 · 2 comentarios · Abierto el 17/11/2025
Remove CUDA Sync Workaround in Evo2 Training Script Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

NVIDIA-BioNeMo/bionemo-recipes#1301 · 3 comentarios · Abierto el 31/10/2025
[BUG] Incorrect documentation for Continuous Flow matching augmentation Abierto

bug

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 55/100

NVIDIA-BioNeMo/bionemo-recipes#1272 · Abierto el 24/10/2025

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