epam / epam/Indigo

IndigoException while calculating properties for molecules containing "Ba" atom

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Core Priority: High
Lenguaje dominante
C++
Estrellas
406
Forks
134
Merge medio
2 d 11 h
PR fusionados (30 d)
24

Descripción

For some molecules Indigo throws the exceptions related to bad valences on atom "Ba", which shouldn't happen.

The example of the exception and corresponding code are shown below.

```
>>> from indigo import Indigo

>>> ba = indigo.loadMolecule('[Ba+]Cl')
>>> ba_semicl = indigo.loadMolecule('[Ba+]Cl')
>>> ba_semicl.molecularWeight()
172.7799949645996
>>> ba_semicl.grossFormula()
'Ba Cl'

>>> ba_from_file = indigo.loadMolecule('Ba_semiCl.mol')
>>> ba_from_file.grossFormula()
indigo.IndigoException: element: bad valence on Ba having 1 drawn bonds, charge 1, and 0 radical electrons
```

Guía de contribución

No hay ninguna guía de contribución indexada para este repositorio

Línea de trabajo

Comienza reproduciendo la diferencia entre cargar '[Ba+]Cl' y cargar Ba_semiCl.mol mediante la Python Indigo API; después, inspecciona la ruta de cálculo de propiedades de la molécula implicada en grossFormula(). La tarea estará terminada cuando el ejemplo de molfile ya no produzca la excepción de valencia no válida y genere la fórmula esperada del cloruro de bario.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Evaluación

Stack tecnológico
cpp, python
Área
tooling
Tipo de issue
Error
Dificultad
4/5
Tiempo estimado
3-5 días
Estado de actividad
Estancado
Claridad
Bastante claro
Aptitud para principiantes
35/100

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