epam / epam/Indigo

IndigoException while calculating properties for molecules containing "Ba" atom

Offen
#653 0 Kommentare 0 Reaktionen 0 zugewiesene Personen Auf GitHub ansehen
Core Priority: High
Vorherrschende Sprache
C++
Sterne
406
Forks
134
Ø Merge
2 T. 11 Std.
Gemergte PRs (30 T.)
24

Beschreibung

For some molecules Indigo throws the exceptions related to bad valences on atom "Ba", which shouldn't happen.

The example of the exception and corresponding code are shown below.

```
>>> from indigo import Indigo

>>> ba = indigo.loadMolecule('[Ba+]Cl')
>>> ba_semicl = indigo.loadMolecule('[Ba+]Cl')
>>> ba_semicl.molecularWeight()
172.7799949645996
>>> ba_semicl.grossFormula()
'Ba Cl'

>>> ba_from_file = indigo.loadMolecule('Ba_semiCl.mol')
>>> ba_from_file.grossFormula()
indigo.IndigoException: element: bad valence on Ba having 1 drawn bonds, charge 1, and 0 radical electrons
```

Beitragsleitfaden

Für dieses Repository ist kein Beitragsleitfaden indexiert

Rechercherichtung

Beginne damit, den Unterschied zwischen dem Laden von '[Ba+]Cl' und dem Laden von Ba_semiCl.mol über die Python Indigo API nachzustellen, und untersuche anschließend den Pfad zur Berechnung der Moleküleigenschaften, der an grossFormula() beteiligt ist. Die Aufgabe ist erledigt, wenn das Molfile-Beispiel keine Ausnahme wegen ungültiger Valenz mehr auslöst und die erwartete Bariumchlorid-Formel erzeugt.

Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.

Bewertung

Tech-Stack
cpp, python
Bereich
tooling
Issue-Typ
Bug
Schwierigkeit
4/5
Geschätzter Aufwand
3-5 Tage
Aktivitätsstatus
Veraltet
Klarheit
Größtenteils klar
Anfängerfreundlichkeit
35/100

Neue Issues direkt in Ihr Postfach

Eine kurze Übersicht über anfängerfreundliche GitHub-Issues.