One malformed signal in mimic3 matched?

Offen

#458 erstellt am 26.6.2023 1 Kommentar 0 Reaktionen 0 zugewiesene Personen Auf GitHub ansehen

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Bewertung

Schwierigkeit: 4/5
Geschätzter Aufwand: 3-5 Tage
Anfängerfreundlichkeit: 35/100

Issue-Typ: Bug
Klarheit: Größtenteils klar
Aktivitätsstatus: Veraltet
Tech-Stack: python
Bereich: data

Rechercherichtung

Beginne damit, das Beispiel mit wfdb.rdrecord für p086831-2130-12-29-18-28n sowohl aus der Online-Datenbank als auch aus den lokalen .hea- und .dat-Dateien zu reproduzieren. Untersuche wfdb/io/_signal.py im Bereich von _check_sig_dims und vergleiche die deklarierten Sample-Dimensionen mit den geladenen Daten. Als erledigt gilt die Ermittlung, ob die Abweichung in wfdb oder in der MIMIC-Datei entsteht, sowie die Dokumentation der Belege.

Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.

Beschreibung

Hi,

I've been using wfdb-python to parse numerics from the mimic3 waveforms database at large. I've found just one file that appears to be unreadable by wfdb, from patient p086831. Here's a minimum example (pulling from the online database):

import wfdb
rec_id = "p086831-2130-12-29-18-28n"
# rec_path = "mimic3wdb/1.0/matched/p08/p086831/"
rec_path = "mimic3wdb-matched/1.0/p08/p086831/"
rec = wfdb.rdrecord(rec_id, pn_dir=rec_path)

ValueError                                Traceback (most recent call last)
Cell In[6], line 6
      4 # rec_path = "mimic3wdb/1.0/matched/p08/p086831/"
      5 rec_path = "mimic3wdb-matched/1.0/p08/p086831/"
----> 6 rec = wfdb.rdrecord(rec_id, pn_dir=rec_path)
...
File .../venv/lib/python3.11/site-packages/wfdb/io/_signal.py:2051, in _check_sig_dims(sig, read_len, n_sig, samps_per_frame)
   2049 for ch in range(n_sig):
   2050     if len(sig[ch]) != samps_per_frame[ch] * read_len:
-> 2051         raise ValueError("Samples were not loaded correctly")

ValueError: Samples were not loaded correctly

This also occurs when pulling the respective .hea and .dat files locally and using wfdb from there.

Perhaps this is an issue with the MIMIC file itself, but I wanted to start here, since I'm not sure how to tell. Might this be a MIMIC bug, or is this a wfdb issue?

Thanks in advance--

Vorherrschende Sprache: Jupyter Notebook
Sterne: 853
Forks: 322
PR-Merge-Kennzahlen: Keine gemergten PRs in 30 T.

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