`row/colVars()` and `row/colSds()` methods for xgCMatrix objects silently ignore the supplied `center`

See for example the definition of the rowVars() method:

library(sparseMatrixStats)

selectMethod("rowVars", "xgCMatrix")
# Method Definition:
# 
# function (x, rows = NULL, cols = NULL, na.rm = FALSE, center = NULL, ...)
# {
#     .local <- function (x, rows = NULL, cols = NULL, na.rm = FALSE)
#     {
#         if (!is.null(rows)) {
#             x <- x[rows, , drop = FALSE]
#         }
#         if (!is.null(cols)) {
#             x <- x[, cols, drop = FALSE]
#         }
#         dgCMatrix_rowVars(x, na_rm = na.rm)
#     }
#     .local(x, rows, cols, na.rm, ...)
# }
# <bytecode: 0x8146588>
# <environment: namespace:sparseMatrixStats>
# 
# Signatures:
#         x
# target  "xgCMatrix"
# defined "xgCMatrix"

Here is a concrete example using a dgCMatrix object:

library(Matrix)
i <- 1:5
j <- 2:6
m0 <- sparseMatrix(i, j, x=10*i+j, dims=c(5, 7))  # dgCMatrix object

center not supplied:

matrixStats::rowVars(as.matrix(m0))
# [1]  20.57143  75.57143 165.14286 289.28571 448.00000
rowVars(m0)
# [1]  20.57143  75.57143 165.14286 289.28571 448.00000

center supplied:

matrixStats::rowVars(as.matrix(m0), center=0)
# [1]  24.00000  88.16667 192.66667 337.50000 522.66667
rowVars(m0, center=0)  # 'center' is ignored!
# [1]  20.57143  75.57143 165.14286 289.28571 448.00000

Thanks,
H.

sessionInfo():

R Under development (unstable) (2020-10-28 r79382)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 16.04.7 LTS

Matrix products: default
BLAS:   /home/hpages/R/R-4.1.r79382/lib/libRblas.so
LAPACK: /home/hpages/R/R-4.1.r79382/lib/libRlapack.so

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] Matrix_1.2-18           sparseMatrixStats_1.3.0 MatrixGenerics_1.3.0   
[4] matrixStats_0.57.0     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_4.1.0  Rcpp_1.0.5      grid_4.1.0      lattice_0.20-41

Bắt đầu bằng cách kiểm tra các phương thức xgCMatrix cho rowVars(), colVars(), rowSds() và colSds(), sử dụng đầu ra selectMethod("rowVars", "xgCMatrix") được cung cấp cùng ví dụ dgCMatrix để tái hiện hành vi. Xác nhận rằng việc cung cấp center sẽ thay đổi kết quả giống như matrixStats::rowVars(); issue được hoàn tất khi cả bốn phương thức đều nhất quán tôn trọng center được cung cấp.