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common-workflow-language

21 indexierte Repositories · Auf GitHub ansehen

common-workflow-language
Repository for the CWL standards. Use https://cwl.discourse.group/ for support 😊

Common Workflow Language · 1480 Sterne
cwltool
Common Workflow Language reference implementation

Python · 376 Sterne
schema_salad
Semantic Annotations for Linked Avro Data

Python · 86 Sterne
cwlviewer
A web application to view and share Common Workflow Language workflows

Java · 52 Sterne
cwl-v1.2
Released CWL v1.2.1 specification

Common Workflow Language · 45 Sterne
cwl-utils
Python utilities for CWL

Python · 43 Sterne
user_guide
The CWL v1.0 - v1.2 user guide

Common Workflow Language · 42 Sterne
workflow-service
Implementation of the GA4GH Workflow Execution Service, a REST service for running workflows

Python · 39 Sterne
cwlprov
Profile for provenance research object of a CWL workflow run

20 Sterne
cwltest
Framework for testing CWL tools and workflows

Python · 20 Sterne
cwljava
Java SDK for the Common Workflow Language standards

Java · 16 Sterne
cwl-website
www.commonwl.org

JavaScript · 10 Sterne
cwl-intro-gui-workshop
Materials to teach workshop about CWL using the Rabix Composer

Common Workflow Language · 8 Sterne
cwl-upgrader
Upgrade CWL syntax to a newer version

Python · 7 Sterne
cwl-v1.3

Common Workflow Language · 6 Sterne
media
CWL logo source

5 Sterne
governance
Holds public material generated by and for the CWL board.

HTML · 4 Sterne
cwlprov-py
cwlprov: Command line tool and Python API to explore Research Objects containing provenance of Common Workflow Language executions

Python · 4 Sterne
for_novices
One page CWL explainer for workflow novices

1 Stern
for_decision_makers
One page CWL explainer for Business/policy decision makers

1 Stern
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Offen Alle

Bisher 1096 offene Issues indexiert

Error if prefix is absent Offen

status/awaiting user response

common-workflow-language/cwltool#298 · 4 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
re-work to better follow the CWL user guide Offen

common-workflow-language/cwl-intro-gui-workshop#1 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
Hands on #1 uses an invalid File object. Offen

common-workflow-language/cwl-intro-gui-workshop#2 · 2 Kommentare · 1 Reaktion · 1 zugewiesene Person · Indexiert am 15.9.2026
Hands on codes and files moves to this repository Offen

common-workflow-language/cwl-intro-gui-workshop#3 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
Change scatter/gather example to use better names Offen

common-workflow-language/cwl-intro-gui-workshop#4 · 0 Kommentare · 1 Reaktion · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
Test auto merge feature Offen

common-workflow-language/cwl-intro-gui-workshop#8 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
Failed confirmation test on OSX Offen

common-workflow-language/cwltool#302 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
KeyError: 'location' - Cannot make job: 'location' Offen

common-workflow-language/cwltool#303 · 4 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
Initializes job assuming Docker is available, still tries to run it if not Offen

common-workflow-language/cwltool#304 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
Type mismatch between source and sink when using merge_nested for single-item list of input link Offen

common-workflow-language/cwltool#309 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
Can't 'add' files to a docker container Offen

common-workflow-language/cwltool#312 · 10 Kommentare · 1 Reaktion · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
support plugins for third party CWL registry APIs, etc Offen

common-workflow-language/cwltool#314 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
conform to the spec: paths for File and Directory inputs placed in the InitialWorkDir must reflect that location and no other Offen

common-workflow-language/cwltool#325 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
Docker mount problem on MAC Offen

OSX

common-workflow-language/cwltool#328 · 5 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person · Indexiert am 15.9.2026
Cwltool doesn't recognise syntax sugar for array of arrays Offen

common-workflow-language/cwltool#330 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
jobs exceeding max allocation of a resource are not limited or failed Offen

common-workflow-language/cwltool#339 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
specifying float or int inputs on command line to cwltool doesn't work Offen

common-workflow-language/cwltool#342 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
no html5lib? print useful warning, don't fail Offen

common-workflow-language/cwltool#347 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
Docker: directory mount fails Offen

common-workflow-language/cwltool#355 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
support mutually exclusive parameters specification on the command line Offen

common-workflow-language/cwltool#358 · 0 Kommentare · 1 Reaktion · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
TES backend? Offen

common-workflow-language/cwltool#359 · 3 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
Problem with Directory output Offen

common-workflow-language/cwltool#361 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
should use both `doc` and `label` when generating CLI for a CWL description Offen

common-workflow-language/cwltool#362 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
Logging all information of a session in a log file for easy understanding by developers in case of a issue Offen

common-workflow-language/cwltool#364 · 1 Kommentar · 1 Reaktion · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
Typos in parameters give unhelpful errors Offen

bug

common-workflow-language/cwltool#370 · 0 Kommentare · 1 Reaktion · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
bad user experience if an array is provided to a File's path Offen

common-workflow-language/cwltool#372 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
Different behavior when "valueFrom" is absent and when it's "null" Offen

common-workflow-language/cwltool#373 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
Missing Basename when using current directory as an input Offen

common-workflow-language/cwltool#376 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
unable to parse type: long as input through cli Offen

common-workflow-language/cwltool#385 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
auto guess format for File types when receiving inputs on the command line instead of an input object, Offen

common-workflow-language/cwltool#389 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
parameter references should be removed from cache hash calculations Offen

common-workflow-language/cwltool#395 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
`--validate` should validate parameter references Offen

common-workflow-language/cwltool#398 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
Bad interpreting of Null Offen

common-workflow-language/cwltool#405 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
Wrong rdfs namespace in cwltool --print-rdf Offen

common-workflow-language/cwltool#427 · 10 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
cwl:cwlVersion in RDF output has incorrect base URL Offen

common-workflow-language/cwltool#429 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
static_checker mistakenly fails with source -> sink Offen

common-workflow-language/cwltool#437 · 0 Kommentare · 2 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
Valid workflow cannot have RDF generated due to lack of urlencoding Offen

common-workflow-language/cwltool#444 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
Difference in optional arguments handling using .yml config and manually provided paramters Offen

common-workflow-language/cwltool#446 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
accept globs using the CLI interface for inputs that are File[] or Directory Offen

enhancement good first issue gsoc help wanted

common-workflow-language/cwltool#448 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
support secondaryFiles for File in CommandInputRecordField Offen

common-workflow-language/cwltool#480 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
cwl-runner re-executes cached jobs Offen

common-workflow-language/cwltool#493 · 1 Kommentar · 1 Reaktion · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
new PR tester needed: run conformance tests with Toil using changes Offen

common-workflow-language/cwltool#502 · 0 Kommentare · 1 Reaktion · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
munge spaces when generating CLI interface Offen

common-workflow-language/cwltool#515 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
Enhance --pack to replace default Files with File literals? Offen

common-workflow-language/cwltool#531 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
--no-container & --cachedir combo produce an error Offen

bug good first issue help wanted

common-workflow-language/cwltool#537 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
Feature request: set secondaryFiles in workflow step input Offen

common-workflow-language/cwltool#538 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
using scattered value more than once in a step fails Offen

common-workflow-language/cwltool#540 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
move non-standard command line options that change execution behavior to cwltool specific CWL extensions Offen

common-workflow-language/cwltool#543 · 3 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
Docker image for cwltool does not work on Docker v17.06.2-ce-mac27 Offen

bug OSX

common-workflow-language/cwltool#546 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'get' Offen

common-workflow-language/cwltool#555 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026

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