common-workflow-language/cwl-utils

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Python utilities for CWL

Sterne: 43
Forks: 28
Offene Anfänger-Issues: 0
Indexierte Issues: 25
Ø Merge: 4 Std. 7 Min.
Gemergte PRs (30 T.): 4

Vorherrschende Sprache: Python
Lizenz: Apache-2.0
Letzter GitHub-Push: 07.9.2026
Zuletzt indexiert: 15.9.2026
Beitragsleitfaden: Beitragsleitfaden
Verhaltenskodex: Kein Verhaltenskodex
Anfänger-Labels: good first issue help wanted

Offen Alle

Bisher 25 offene Issues indexiert

types for input/output not consistent Offen

common-workflow-language/cwl-utils#2 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
teach cite_extract to generate a bibtex ".bib" bibliography Offen

enhancement good first issue help wanted

common-workflow-language/cwl-utils#6 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
Request: tool to replace simple docker references with digests Offen

common-workflow-language/cwl-utils#19 · 4 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
document release process Offen

common-workflow-language/cwl-utils#22 · 3 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person · Indexiert am 15.9.2026
schema_salad.exceptions.ValidationExceptions parsing certain data structures Offen

common-workflow-language/cwl-utils#31 · 12 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person · Indexiert am 15.9.2026
container image puller: consider using https://github.com/biowdl/prepull-singularity Offen

common-workflow-language/cwl-utils#35 · 0 Kommentare · 1 Reaktion · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
expr refactor: pickValue on a Workflow step input Offen

common-workflow-language/cwl-utils#44 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
expr refactor: download conformance tests and process & run them Offen

common-workflow-language/cwl-utils#45 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
expr refactor new feature: consolidate generated `ExpressionTool`/`CommandLineTool`s Offen

common-workflow-language/cwl-utils#49 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
Fix https://cwl-utils.readthedocs.io/ Offen

common-workflow-language/cwl-utils#57 · 7 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
Documentation for importing packed files Offen

common-workflow-language/cwl-utils#71 · 10 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
Subtree of workflow is updated only to v1.1 Offen

common-workflow-language/cwl-utils#89 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
new feature: implement cwltool --target / --single-{step,process} --print-{subgraph,target} Offen

common-workflow-language/cwl-utils#92 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
[Feature Request] utility function to access nested fields Offen

common-workflow-language/cwl-utils#106 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
docker_extract.py is not handling relative directories very well. Offen

common-workflow-language/cwl-utils#157 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
add utilities to help with parsing CWL Parameter References Offen

common-workflow-language/cwl-utils#162 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
test __eq__ & __hash__ with load/save of all CWL conformance tests Offen

common-workflow-language/cwl-utils#168 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
test & support apptainer in addition to singularity-ce Offen

common-workflow-language/cwl-utils#185 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
New tests needed to catch future regressions Offen

common-workflow-language/cwl-utils#260 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
Inconsistent `type` attribute in `CommandInputParameter` Offen

common-workflow-language/cwl-utils#271 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
Proposal for a Function to Generate JSON Schema for Workflow Parameter Files Offen

common-workflow-language/cwl-utils#273 · 3 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
new command: cwl-summary Offen

common-workflow-language/cwl-utils#314 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
CWL steps given in alphabetical order rather than the order in the CWL file Offen

common-workflow-language/cwl-utils#326 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
Issue with Docker tag handling Offen

common-workflow-language/cwl-utils#339 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
'save' function truncate input source name if it contains step name Offen

common-workflow-language/cwl-utils#402 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026

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