common-workflow-language/cwltool

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Common Workflow Language reference implementation

スター: 376
フォーク: 255
オープンの初心者向け issue: 0
索引済み issue: 451
平均マージ: 2日 7時間
マージ済み PR（30日）: 12

主要言語: Python
ライセンス: Apache-2.0
最終 GitHub push: 2026年9月14日
最新の索引: 2026年9月15日
コントリビューションガイド: コントリビューションガイド
行動規範: 行動規範
初心者向けラベル: help wanted good first issue

オープンすべて

オープンの issue を 451 件索引しました

Exact definition of --tmp-outdir-prefix and --tmpdir-prefix is ambiguous オープン

common-workflow-language/cwltool#3 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引
Add requirements.txt and .python-version to root オープン

common-workflow-language/cwltool#5 · コメント 4 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引
augment DOT/graphviz output オープン

common-workflow-language/cwltool#7 · コメント 3 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引
CWLtool issue with passing a list of scatter/gathered outputs into a program that accepts a list オープン

common-workflow-language/cwltool#17 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引
CreateFileRequirement: input_dir and work_dir are the same オープン

common-workflow-language/cwltool#21 · コメント 2 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引
Validation error... could not validate field `secondaryFiles` オープン

common-workflow-language/cwltool#23 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引
dockerFile オープン

status/awaiting user response

common-workflow-language/cwltool#26 · コメント 2 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引
No copyright declared in source code オープン

common-workflow-language/cwltool#35 · コメント 4 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引
"No such file or directory" in very simple example オープン

common-workflow-language/cwltool#45 · コメント 4 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引
--update should produce yaml if given yaml オープン

enhancement

common-workflow-language/cwltool#51 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引
Symlinking input to docker on Mac links in local, not the host VM オープン

common-workflow-language/cwltool#55 · コメント 4 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引
`Error collecting output` for array of secondaryFiles オープン

common-workflow-language/cwltool#57 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引
inconsistent behavior: passing file paths via command line arguments vs input job documents オープン

common-workflow-language/cwltool#79 · コメント 1 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引
Using --cachedir option leaves output of workflow in cache instead of the directory the workflow is run オープン

common-workflow-language/cwltool#86 · コメント 7 件 · リアクション 1 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引
content-type for remote descriptors オープン

common-workflow-language/cwltool#98 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引
output yaml instead of json オープン

common-workflow-language/cwltool#109 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引
test false negative with SoftwareRequirement オープン

common-workflow-language/cwltool#120 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引
InitialWorkDirRequirement `Error collecting output` when using DockerRequirement オープン

common-workflow-language/cwltool#126 · コメント 4 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引
--leave-tmpdir doesn't work オープン

common-workflow-language/cwltool#129 · コメント 3 件 · リアクション 1 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引
New cwltool error on basic gzip job オープン

common-workflow-language/cwltool#130 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月15日に索引
Lack of OS X testing オープン

OSX

common-workflow-language/cwltool#138 · コメント 2 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引
document how to pass lists on the command line オープン

common-workflow-language/cwltool#139 · コメント 2 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引
re-think continuous deployment model オープン

common-workflow-language/cwltool#141 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引
Files in InitialWorkDir should have path in outdir オープン

common-workflow-language/cwltool#146 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引
--tool-help silently fails if parser can't be autogenerated オープン

common-workflow-language/cwltool#152 · コメント 1 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引
Auto-casting single item to array fails オープン

common-workflow-language/cwltool#171 · コメント 5 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引
transient UTF parsing errors オープン

common-workflow-language/cwltool#172 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引
rerunning workflows with --cachedir sometimes repeats steps despite no changes to input オープン

common-workflow-language/cwltool#173 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引
docker volume on docker-machine オープン

common-workflow-language/cwltool#179 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引
cwltool requires type field on Process inputs contrary to the spec オープン

common-workflow-language/cwltool#186 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引
import directives not followed in input job objects if cwl:tool is used オープン

bug help wanted

common-workflow-language/cwltool#188 · コメント 0 件 · リアクション 1 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引
Problems with --cachedir and DockerRequirement オープン

common-workflow-language/cwltool#203 · コメント 1 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引
Error with --outdir オープン

common-workflow-language/cwltool#205 · コメント 7 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引
attempts to write to /var/lib/cwl with docker hint but no docker installed オープン

bug

common-workflow-language/cwltool#213 · コメント 21 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引
add flag to ignore file formats オープン

common-workflow-language/cwltool#217 · コメント 0 件 · リアクション 1 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引
enable use inside Jupyter notebooks オープン

enhancement

common-workflow-language/cwltool#221 · コメント 2 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引
anonymous directory are allowed to only have a listing オープン

common-workflow-language/cwltool#226 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引
InitialWorkDir listing with expression returning a directory: TypeError オープン

common-workflow-language/cwltool#227 · コメント 2 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引
cwltool does not recognize the array property 'length' in ECMAScript expressions オープン

common-workflow-language/cwltool#235 · コメント 2 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引
ExpressionTool cannot return one of its input files as an output オープン

common-workflow-language/cwltool#248 · コメント 2 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引
better error message when InitialWorkDir listing is a single entry instead of an array オープン

common-workflow-language/cwltool#249 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引
doc_loader does not pickle correctly オープン

common-workflow-language/cwltool#259 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引
document what --basedir does オープン

common-workflow-language/cwltool#278 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引
Unhandled exception when scattering over a Directory.listing オープン

common-workflow-language/cwltool#279 · コメント 5 件 · リアクション 1 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引
OS X + docker under hints = permission error? オープン

OSX

common-workflow-language/cwltool#281 · コメント 1 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引
flagging a input Directory as writable still symlinks all files, not copy オープン

common-workflow-language/cwltool#282 · コメント 9 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引
add additional code checks to automated testing オープン

common-workflow-language/cwltool#286 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引
document docker layout assumptions オープン

common-workflow-language/cwltool#289 · コメント 2 件 · リアクション 0 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月15日に索引
document that docker-in-virtualbox using shared folders doesn't work オープン

common-workflow-language/cwltool#290 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引
Better Error message when cwl.output.json is invalid オープン

help wanted

common-workflow-language/cwltool#291 · コメント 1 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月15日に索引

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