common-workflow-language / common-workflow-language/cwltool

attempts to write to /var/lib/cwl with docker hint but no docker installed

Đang mở
#213 21 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub
bug
Ngôn ngữ chính
Python
Star
376
Fork
255
Merge trung bình
2 ngày 7 giờ
Pull request đã merge (30 ngày)
12

Mô tả

On the 2 systems I have available to me (one of them Ubuntu 16), /var/lib is not user writable, so running the conformance test fails:

```
cwltest --tool cwltool --test=conformance_test_v1.0.yaml --junit-xml result.xml --basedir v1.0
Test [1/82] Got workflow error
Traceback (most recent call last):
File "/software/[...]/python-2.7.12/lib/python2.7/site-packages/cwltool/main.py", line 223, in single_job_executor
r.run(**kwargs)
File "/software/[...]/python-2.7.12/lib/python2.7/site-packages/cwltool/job.py", line 149, in run
stageFiles(self.pathmapper, os.symlink)
File "/software/[...]/python-2.7.12/lib/python2.7/site-packages/cwltool/process.py", line 176, in stageFiles
os.makedirs(os.path.dirname(p.target), 0755)
File "/software/[...]/python-2.7.12/lib/python2.7/os.py", line 150, in makedirs
makedirs(head, mode)
File "/software/[...]/python-2.7.12/lib/python2.7/os.py", line 157, in makedirs
mkdir(name, mode)
OSError: [Errno 13] Permission denied: '/var/lib/cwl'
```

Is this expected, and will I hit the same problem trying to run "real" cwl scripts? That is, is sudo required to use cwltool fully?

Hướng dẫn đóng góp

Mở hướng dẫn đóng góp

Đánh giá

Issue này chưa được đánh giá.

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.