Exporting and importing locally gives "no such table: main.User: SQLITE_ERROR"

### What versions & operating system are you using?

wrangler 4.16.1

### Please provide a link to a minimal reproduction

_No response_

### Describe the Bug

I follow this article how to export and import d1.
https://developers.cloudflare.com/d1/best-practices/import-export-data/#export-an-existing-d1-database

```
npx wrangler d1 export xyz --remote --output=./database.sql
```

I remove `rm -rf .wrangler`

and then running
```
npx wrangler@latest d1 execute xyz-staging --file=database.sql
```

The sql file looks correct, but it looks like the export is not doing it correct in order

You can see that _userOrganizations depends on User which has not been created yet, and if I switch the order then I get another SQL error about another table which does not exist.

### Please provide any relevant error logs

[wrangler-2025-05-23_10-58-30_040.log](https://github.com/user-attachments/files/20409177/wrangler-2025-05-23_10-58-30_040.log)

Bắt đầu với các lệnh `wrangler d1 export` và `wrangler d1 execute --file` đã được ghi lại trong tài liệu, sau đó kiểm tra `database.sql` được tạo và nhật ký Wrangler được liên kết. Xác minh xem các câu lệnh bảng đã xuất có được sắp xếp an toàn theo các dependency của chúng hay không, và coi quá trình import là hoàn tất khi tệp SQL thực thi thành công trên cơ sở dữ liệu staging.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.