biocore / biocore/LabControl

Exception when preparing an amplicon library with a 384 well plate

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bug priority:high
Lingua principale
Python
Stelle
2
Fork
15
Metriche di merge delle PR
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Descrizione

In my test environment, I have amplicon 384-well plates. It appears that the prepare amplicon libraries page is not presently validating that the primer plates have the same number of wells. I'm not sure if we ever want to do 384 well amplicon plates, but we may want to have validation here to disallow the user from doing something they shouldn't be able to do.

I can't remember if this is a duplicate or not -- it felt familiar but I didn't see an issue when flipping through.

![prepare_16s_libraries](https://user-images.githubusercontent.com/474290/56542221-b6b32d00-6522-11e9-9d20-208016ed0e40.gif)

```bash
AN ERROR HAS OCCURED!
Please copy the following into an issue in our github repository

Error
list index out of range

Traceback
Traceback (most recent call last):
File "/Users/dtmcdonald/miniconda3/envs/labcontrol/lib/python3.7/site-packages/tornado/web.py", line 1697, in _execute result = method(*self.path_args, **self.path_kwargs)
File "/Users/dtmcdonald/miniconda3/envs/labcontrol/lib/python3.7/site-packages/tornado/web.py", line 3174, in wrapper return method(self, *args, **kwargs)
File "/Users/dtmcdonald/ResearchWork/software/labman/labcontrol/gui/handlers/process_handlers/library_prep_16s_process.py", line 88, in post for pid, pn, pp, ep, ep300, ep50, mm, w in json_decode(plates_info)
File "/Users/dtmcdonald/ResearchWork/software/labman/labcontrol/gui/handlers/process_handlers/library_prep_16s_process.py", line 88, in for pid, pn, pp, ep, ep300, ep50, mm, w in json_decode(plates_info)
File "/Users/dtmcdonald/ResearchWork/software/labman/labcontrol/db/process.py", line 933, in create primer_layout[i][j].composition)
IndexError: list index out of range
```

Guida per i contributori

Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository

Direzione di ricerca

Inizia da gui/handlers/process_handlers/library_prep_16s_process.py nel post handler segnalato, quindi ispeziona db/process.py intorno a create primer_layout. Riproduci il flusso di preparazione con una piastra di ampliconi a 384 pozzetti e piastre di primer non corrispondenti. Il lavoro è completo quando il caso viene gestito tramite una convalida esplicita invece di produrre l’IndexError segnalato; conferma la regola prevista per la dimensione della piastra prima di modificare il comportamento.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Valutazione

Stack tecnologico
python
Ambito
backend
Tipo di issue
Bug
Difficoltà
3/5
Tempo stimato
1-2 giorni
Stato di attività
Ferma
Chiarezza
Abbastanza chiara
Idoneità per principianti
45/100

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