Bazel can overwrite __init__.py with empty file in source tree

### Description of the bug:

If I mess up my BUILD structure, and forget to include `srcs = ["__init__.py"]`, it seems it can happen that Bazel overwrites the existing `__init__.py` with an empty file.

### Reproduce:

Setup the directory:
```
cd $(mktemp -d)
cat > MODULE.bazel <<-EOF
module(name = "test_module")

bazel_dep(name = "rules_python", version = "1.4.1")
EOF
mkdir some_package
cat > some_package/BUILD.bazel <<-EOF
load("@rules_python//python:defs.bzl", "py_library", "py_test")
py_library(
name = "_some_library",
srcs = ["_some_library.py"],
)
py_library(
name = "some_package",
srcs = ["__init__.py"],
deps = [":_some_library"],
)
py_test(
name = "correct_test",
srcs = ["test.py"],
main = "test.py",
deps = [":some_package"],
)
py_test(
name = "bad_dep_test",
srcs = ["test.py"],
main = "test.py",
deps = [":_some_library"],
)
EOF
cat > some_package/__init__.py <<-EOF
import some_package._some_library
method=_some_library.method
EOF
cat > some_package/_some_library.py <<-EOF
def method():
pass
EOF
cat > some_package/test.py <<-EOF
import some_package
some_package.method()
EOF
```

Double check the with `tree`. This gives:
```
.
├── MODULE.bazel
└── some_package
├── BUILD.bazel
├── __init__.py
├── _some_library.py
└── test.py
```

Run the good test -- it will pass.
```
bazel test //some_package:correct_test
```

Then run the bad test. It fails and overwrites `__init__.py`.
```
bazel test //some_package:bad_dep_test
```

The run the good test. It now fails.
```
bazel test //some_package:correct_test
```

Note: Setting common --incompatible_default_to_explicit_init_py in .bazelrc fixes this.

See also https://github.com/bazel-contrib/rules_python/issues/2945.

Tái hiện hành vi từ issue bằng MODULE.bazel và some_package/BUILD.bazel, sau đó kiểm tra cách hai target py_test xử lý some_package/__init__.py. Chạy correct_test, bad_dep_test và lại correct_test để xác nhận việc ghi đè; hoàn tất khi test sai không còn làm rỗng tệp nguồn và test đúng tiếp tục vượt qua.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.