Add option for disabling the plugins

I have no intention of ever using this, yet I'm not allowed to disabled it. Is there a technical reason that it needs to be enabled? Would a PR to make it optional be welcome?

Issue ではファイル、エントリーポイント、テストのいずれも指定されていません。まず atom-community/atom-ide-javascript がプラグインをどのように登録して有効化しているかを確認し、次にサポートされている設定方法を特定してください。ユーザーが現在のデフォルトを変更せずにプラグインを無効化できれば完了です。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。