allenai/scispacy

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A full spaCy pipeline and models for scientific/biomedical documents.

Sterne: 2k
Forks: 258
Offene Anfänger-Issues: 0
Indexierte Issues: 42

Vorherrschende Sprache: Python
Lizenz: Apache-2.0
Letzter GitHub-Push: 04.12.2025
Zuletzt indexiert: 13.9.2026
Beitragsleitfaden: Kein Beitragsleitfaden
Verhaltenskodex: Kein Verhaltenskodex
Anfänger-Labels: help wanted
PR-Merge-Kennzahlen: Keine gemergten PRs in 30 T.

Offen Alle

Bisher 42 offene Issues indexiert

Refactor tests to not use global cache for models Offen

help wanted

allenai/scispacy#57 · 3 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Parse a large quantity of text with a very strong dependency parser for retraining Offen

project

allenai/scispacy#65 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Merging abbreviation long forms Offen

enhancement

allenai/scispacy#152 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Wrong named entities report (unbalanced brackets) Offen

model improvement

allenai/scispacy#236 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Clean up vocab creation Offen

code improvement

allenai/scispacy#300 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Train a reranker on top of the candidate generator Offen

project

allenai/scispacy#301 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Do some hyperparam tuning Offen

model improvement

allenai/scispacy#302 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
try out spacy ray for faster training Offen

code improvement

allenai/scispacy#305 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
investigate merging parser/tagger datasets and ner dataset in order to not train multiple tok2vecs Offen

project

allenai/scispacy#310 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Chunking seems to not be working properly Offen

enhancement help wanted

allenai/scispacy#326 · 4 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
User Survey - Please take a moment to complete this if you use scispacy! Offen

allenai/scispacy#330 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Explore data augmentation for NER robustness Offen

project

allenai/scispacy#336 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Update scispacy version on streamlit demo Offen

bug

allenai/scispacy#342 · 8 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
rxnorm linker doesn't work with multiprocessing? Offen

bug

allenai/scispacy#345 · 3 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Add Wikidata as a possible EntityLinker? Offen

enhancement

allenai/scispacy#346 · 3 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
token probabilities are not included Offen

bug

allenai/scispacy#348 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
EntityLinker knowledge base returns CUIs not MeSH IDs when 'mesh' is selected Offen

allenai/scispacy#355 · 6 Kommentare · 1 Reaktion · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Combining Entities Recognized by Different Models & by the AbbreviationDetector Offen

enhancement help wanted

allenai/scispacy#388 · 3 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Slow loading of the pipe `scispacy_linker` Offen

enhancement

allenai/scispacy#402 · 9 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Enhancement: Provide option to modify cache folder for entity linker knowledge base downloads Offen

enhancement

allenai/scispacy#415 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
any guidance on ontonotes prep? Offen

documentation

allenai/scispacy#421 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Entity linking future directions Offen

enhancement

allenai/scispacy#429 · 4 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Training scispacy pipelines require recreating the vocab file Offen

bug

allenai/scispacy#440 · 9 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Error running sample code: OSError: [Errno 36] File name too long Offen

bug

allenai/scispacy#447 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Configuration for model locations Offen

enhancement

allenai/scispacy#469 · 3 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Interactive demo is not working Offen

allenai/scispacy#515 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Filtering CUI/TUI returned entities? Offen

allenai/scispacy#516 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
UMLS Entity Linker throws BadZipFile error Offen

allenai/scispacy#534 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Incompatibility with numpy v2 - ValueError: numpy.dtype size changed, may indicate binary incompatibility. Expected 96 from C header, got 88 from PyObject Offen

allenai/scispacy#536 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Mismatch in Entity Annotation between SpaCy Models (en_ner_bionlp13cg_md and en_ner_jnlpba_md) Offen

allenai/scispacy#538 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
File name too long Offen

allenai/scispacy#539 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Support for Python 3.13 and spaCy 3.8.7 Offen

allenai/scispacy#545 · 3 Kommentare · 1 Reaktion · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
What types of entities can each scispaCy model recognize? Offen

allenai/scispacy#550 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
📚 Daily Automated arXiv Updates for AI4Bio Papers Offen

allenai/scispacy#561 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
fix: truncate cache filenames to avoid OSError on eCryptfs/encfs filesystems Offen

allenai/scispacy#590 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
fix: set-list zip produces incorrect span pairings in PerClassScorer (candidate_generation.py) Offen

allenai/scispacy#592 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
fix: misleading variable name in create_tfidf_ann_index — number_of_non_empty_tfidfs counts empty vectors Offen

allenai/scispacy#593 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
fix: which_look_like Hearst pattern uses hyponym twice instead of hypernym Offen

allenai/scispacy#595 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
fix: unclosed file handle in evaluate_ner() when dumping metrics Offen

allenai/scispacy#597 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
fix: unclosed file handles in read_full_med_mentions() and read_ner_from_tsv() Offen

allenai/scispacy#599 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
fix: typo 'constuctor' → 'constructor' in CandidateGenerator error message Offen

allenai/scispacy#601 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026
Release request: publish the merged nmslib dependency update (#559) Offen

allenai/scispacy#628 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 13.9.2026

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