no gap-filling in "scaffold" mode?

Hi again!

I have now run dentist successfully a few times and tested the different join policies, using as input the raw contig assembly or a scaffold assembly, scaffolded with `LRscaf`.

I get the best N50 running dentist with `join-policy: scaffolds` on the already scaffolded assembly (13.5 Mb). However, the final `gap-closed.fasta` contains almost as many `N`s (186183) as the input assembly `reference.fasta` (186185).

When running with `join-policy: contigs`, neither the reference.fasta nor the gap-closed.fasta contain any `N`s.

Is it intended that gaps are not closed in the `join-policy:scaffold`-mode? Do I have to run dentist a second time with `join-policy: scaffoldGaps` to actually glose the gaps in the 13.5 Mb assembly?

As far as I can tell, all dentist runs finished without any errors.

Here are some stats of the different assemblies:

### `join-policy: scaffolds`
```
file format type num_seqs sum_len min_len avg_len max_len Q1 Q2 Q3 sum_gap N50 Q20(%) Q30(%)
gap-closed.fasta FASTA DNA 117 340,348,369 1,843 2,908,960.4 28,227,288 9,395 77,974 2,243,295 0 13,556,940 0 0
reference.fasta FASTA DNA 122 340,337,486 940 2,789,651.5 28,227,288 8,609 89,797 2,243,295 0 12,859,076 0 0
```

### `join-policy: contigs`
```
file format type num_seqs sum_len min_len avg_len max_len Q1 Q2 Q3 sum_gap N50 Q20(%) Q30(%)
gap-closed.fasta FASTA DNA 161 303,401,106 1,069 1,884,478.9 28,227,288 7,516 31,549 988,561 0 10,239,100 0 0
reference.fasta FASTA DNA 171 303,403,113 520 1,774,287.2 25,232,339 7,314 31,549 971,039.5 0 9,931,962 0 0
```

Issue này liên quan đến hành vi lấp đầy khoảng trống trong chế độ 'scaffold'. Hãy kiểm tra logic join-policy trong codebase, có thể nằm trong một module xử lý chính hoặc configuration handler. Tìm các chế độ 'scaffold' và 'scaffoldGaps' để hiểu luồng đóng khoảng trống. Chạy các bài kiểm thử với scaffolded input để tái hiện vấn đề N-count và xác minh xem các khoảng trống có đang được xử lý hay không.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.