a-ludi / a-ludi/dentist

Could not create pipe to check startup of child (Too many open files)

Đang mở
#31 2 bình luận 0 reaction 1 người được giao Được @a-ludi nhận Xem trên GitHub
bug
Ngôn ngữ chính
D
Star
52
Fork
6
Chỉ số merge pull request
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Mô tả

Hi,

I am using ONT data and I got the error in the title from the pileupCollector (in the collect.log).
I tried to increase the number of tolerated opened files with: ulimit -n 100000 and I set the batch_size: 100 in the snakemake.yml file but this did not solve the problem. Any advice on how to solve this?

Thanks a lot!

Hướng dẫn đóng góp

Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này

Hướng nghiên cứu

Lỗi xảy ra trong pileupCollector, có khả năng nằm trong codebase D. Hãy kiểm tra collect.log để biết thông tin cụ thể, đồng thời kiểm tra việc tạo pipe và các giới hạn về bộ mô tả tệp trong những tệp mã nguồn D liên quan. Xem xét cách các thiết lập batch_size và ulimit tương tác với việc tạo tiến trình của pipeline. Việc hiểu các giới hạn về bộ mô tả tệp của hệ thống và cách công cụ quản lý các tiến trình con là rất quan trọng.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Đánh giá

Lĩnh vực
bioinformatics, cli, tooling
Loại issue
Lỗi
Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Độ rõ ràng
Cần làm rõ
Mức phù hợp với người mới
25/100

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.