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Failed to run with test data set: TypeError in line 45 of Snakefile

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主要言語
D
スター
52
フォーク
6
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説明

```
(base) ubuntu@bio-xanthomonas:~/dentist-example$ snakemake --configfile=snakemake.yml --use-singularity --cores=all
Pre-fetching singularity image...
TypeError in line 45 of /home/djs217/dentist-example/Snakefile:
__init__() got an unexpected keyword argument 'is_containerized'
File "/home/djs217/dentist-example/Snakefile", line 745, in
File "/home/djs217/dentist-example/Snakefile", line 45, in prefetch_singularity_image

(base) ubuntu@bio-xanthomonas:~/dentist-example$ snakemake --version
5.32.1
```

コントリビューションガイド

このリポジトリのコントリビューションガイドは索引されていません

調査の方向性

エラーは prefetch_singularity_image 関数内の Snakefile の 45 行目で発生します。45 行目付近の Snakefile を調べて、'is_containerized' キーワード引数を含む呼び出しを確認してください。snakemake のバージョン互換性と、dentist コードベース内の関数シグネチャを確認してください。テストデータセットで失敗しているコマンドを実行すると、この問題を再現できます。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

評価

領域
bioinformatics, build-system
issue の種類
バグ
難易度
3/5
見積もり時間
1〜2日
活発さ
停滞
明瞭さ
明確に書かれている
初心者へのやさしさ
40/100

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