Failed to run with test data set: TypeError in line 45 of Snakefile
- 主要言語
- D
- スター
- 52
- フォーク
- 6
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
説明
```
(base) ubuntu@bio-xanthomonas:~/dentist-example$ snakemake --configfile=snakemake.yml --use-singularity --cores=all
Pre-fetching singularity image...
TypeError in line 45 of /home/djs217/dentist-example/Snakefile:
__init__() got an unexpected keyword argument 'is_containerized'
File "/home/djs217/dentist-example/Snakefile", line 745, in
File "/home/djs217/dentist-example/Snakefile", line 45, in prefetch_singularity_image
(base) ubuntu@bio-xanthomonas:~/dentist-example$ snakemake --version
5.32.1
```
コントリビューションガイド
このリポジトリのコントリビューションガイドは索引されていません
調査の方向性
エラーは prefetch_singularity_image 関数内の Snakefile の 45 行目で発生します。45 行目付近の Snakefile を調べて、'is_containerized' キーワード引数を含む呼び出しを確認してください。snakemake のバージョン互換性と、dentist コードベース内の関数シグネチャを確認してください。テストデータセットで失敗しているコマンドを実行すると、この問題を再現できます。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
評価
- 領域
- bioinformatics, build-system
- issue の種類
- バグ
- 難易度
- 3/5
- 見積もり時間
- 1〜2日
- 活発さ
- 停滞
- 明瞭さ
- 明確に書かれている
- 初心者へのやさしさ
- 40/100