Project-MONAI / Project-MONAI/tutorials
new warning messages from notebooks
Đang mở
Chưa có ai nhận issue này.
- Ngôn ngữ chính
- Jupyter Notebook
- Star
- 2.5k
- Fork
- 803
- Merge trung bình
- 6 ngày 22 giờ
- Pull request đã merge (30 ngày)
- 3
Mô tả
Describe the bug
02:28:58 Running ./3d_segmentation/unet_segmentation_3d_ignite.ipynb
02:28:58 Checking PEP8 compliance...
02:28:59 Running notebook...
02:28:59 Before:
02:28:59 "max_epochs = 10\n",
02:28:59 After:
02:28:59 "max_epochs = 1\n",
02:29:03 MONAI version: 1.0.0rc1+9.ge98226dd
02:29:03 Numpy version: 1.22.4
02:29:03 Pytorch version: 1.10.2+cu102
02:29:03 MONAI flags: HAS_EXT = False, USE_COMPILED = False, USE_META_DICT = False
02:29:03 MONAI rev id: e98226dd6d0fb56ff344bc9122c68f9c8a3af96e
02:29:03 MONAI __file__: /home/jenkins/agent/workspace/Monai-notebooks/MONAI/monai/__init__.py
02:29:03
02:29:03 Optional dependencies:
02:29:03 Pytorch Ignite version: 0.4.10
02:29:03 Nibabel version: 4.0.2
02:29:03 scikit-image version: 0.19.3
02:29:03 Pillow version: 7.0.0
02:29:03 Tensorboard version: 2.10.0
02:29:03 gdown version: 4.5.1
02:29:03 TorchVision version: 0.11.3+cu102
02:29:03 tqdm version: 4.64.0
02:29:03 lmdb version: 1.3.0
02:29:03 psutil version: 5.9.1
02:29:03 pandas version: 1.1.5
02:29:03 einops version: 0.4.1
02:29:03 transformers version: 4.21.3
02:29:03 mlflow version: 1.28.0
02:29:03 pynrrd version: 0.4.3
02:29:03
02:29:03 For details about installing the optional dependencies, please visit:
02:29:03 https://docs.monai.io/en/latest/installation.html#installing-the-recommended-dependencies
02:29:03
02:29:04 /opt/conda/lib/python3.8/site-packages/papermill/iorw.py:153: UserWarning: the file is not specified with any extension : -
02:29:04 warnings.warn(
02:29:25
Executing: 0%| | 0/29 [00:00<?, ?cell/s]
Executing: 3%|▎ | 1/29 [00:01<00:36, 1.32s/cell]
Executing: 10%|█ | 3/29 [00:05<00:52, 2.01s/cell]
Executing: 17%|█▋ | 5/29 [00:09<00:44, 1.84s/cell]
Executing: 38%|███▊ | 11/29 [00:16<00:26, 1.45s/cell]
Executing: 45%|████▍ | 13/29 [00:21<00:25, 1.62s/cell]
Executing: 52%|█████▏ | 15/29 [00:21<00:17, 1.22s/cell]2022-09-09 01:29:25.282097: I tensorflow/core/platform/cpu_feature_guard.cc:193] This TensorFlow binary is optimized with oneAPI Deep Neural Network Library (oneDNN) to use the following CPU instructions in performance-critical operations: AVX2 AVX512F AVX512_VNNI FMA
02:29:25 To enable them in other operations, rebuild TensorFlow with the appropriate compiler flags.
02:29:25 2022-09-09 01:29:25.450820: I tensorflow/core/util/util.cc:169] oneDNN custom operations are on. You may see slightly different numerical results due to floating-point round-off errors from different computation orders. To turn them off, set the environment variable `TF_ENABLE_ONEDNN_OPTS=0`.
02:29:25 2022-09-09 01:29:25.490201: E tensorflow/stream_executor/cuda/cuda_blas.cc:2981] Unable to register cuBLAS factory: Attempting to register factory for plugin cuBLAS when one has already been registered
02:29:26 2022-09-09 01:29:26.138841: W tensorflow/stream_executor/platform/default/dso_loader.cc:64] Could not load dynamic library 'libnvinfer.so.7'; dlerror: libnvinfer.so.7: cannot open shared object file: No such file or directory; LD_LIBRARY_PATH: /usr/lib/x86_64-linux-gnu:/opt/conda/lib/python3.8/site-packages/torch/lib:/opt/conda/lib/python3.8/site-packages/torch_tensorrt/lib:/usr/local/cuda/compat/lib:/usr/local/nvidia/lib:/usr/local/nvidia/lib64
02:29:26 2022-09-09 01:29:26.138936: W tensorflow/stream_executor/platform/default/dso_loader.cc:64] Could not load dynamic library 'libnvinfer_plugin.so.7'; dlerror: libnvinfer_plugin.so.7: cannot open shared object file: No such file or directory; LD_LIBRARY_PATH: /usr/lib/x86_64-linux-gnu:/opt/conda/lib/python3.8/site-packages/torch/lib:/opt/conda/lib/python3.8/site-packages/torch_tensorrt/lib:/usr/local/cuda/compat/lib:/usr/local/nvidia/lib:/usr/local/nvidia/lib64
02:29:26 2022-09-09 01:29:26.138944: W tensorflow/compiler/tf2tensorrt/utils/py_utils.cc:38] TF-TRT Warning: Cannot dlopen some TensorRT libraries. If you would like to use Nvidia GPU with TensorRT, please make sure the missing libraries mentioned above are installed properly.
Hướng dẫn đóng góp
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Hướng nghiên cứu
Bắt đầu với 3d_segmentation/unet_segmentation_3d_ignite.ipynb và tái hiện quá trình thực thi papermill của nó bằng các phiên bản dependency được nêu trong báo cáo. Kiểm tra những thông báo nào đến từ quá trình thực thi notebook và những thông báo nào đến từ môi trường TensorFlow và CUDA; issue không xác định những cảnh báo nào cần được loại bỏ hoặc hành vi sau khi hoàn tất nên là gì.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Đánh giá
- Công nghệ
- jupyter-notebook, python, pytorch
- Lĩnh vực
- machine-learning, testing-qa
- Loại issue
- Lỗi
- Độ khó
- 4/5
- Thời gian dự kiến
- 3-5 ngày
- Mức độ hoạt động
- Đình trệ
- Độ rõ ràng
- Cần làm rõ
- Mức phù hợp với người mới
- 25/100