Project-MONAI / Project-MONAI/tutorials
cron test error 3d_segmentation/unetr_btcv_segmentation_3d.ipynb
Đang mở
Chưa có ai nhận issue này.
bug
- Ngôn ngữ chính
- Jupyter Notebook
- Star
- 2.5k
- Fork
- 803
- Merge trung bình
- 6 ngày 22 giờ
- Pull request đã merge (30 ngày)
- 3
Mô tả
Describe the bug
log: https://github.com/Project-MONAI/MONAI/runs/3073470810?check_suite_focus=true
Running ./3d_segmentation/unetr_btcv_segmentation_3d.ipynb
Checking PEP8 compliance...
stdin:384:2: N816 variable 'split_JSON' in global scope should not be mixedCase
split_JSON = "dataset_0.json"
^
stdin:464:17: C408 Unnecessary list call - rewrite as a literal.
dice_vals = list()
^
stdin:466:13: B007 Loop control variable 'step' not used within the loop body. If this is intended, start the name with an underscore.
for step, batch in enumerate(epoch_iterator_val):
^
Error: Try running with autofixes: --autofix.
Check failed!
Running notebook...
Executing: 0%| | 0/23 [00:00<?, ?cell/s]
Executing: 4%|▍ | 1/23 [00:00<00:18, 1.19cell/s]
Executing: 13%|█▎ | 3/23 [00:06<00:27, 1.37s/cell]
Executing: 17%|█▋ | 4/23 [00:08<00:32, 1.73s/cell]
Executing: 43%|████▎ | 10/23 [00:08<00:15, 1.23s/cell]
Executing: 43%|████▎ | 10/23 [00:10<00:13, 1.02s/cell]
Traceback (most recent call last):
File "/opt/conda/bin/papermill", line 8, in <module>
sys.exit(papermill())
File "/opt/conda/lib/python3.8/site-packages/click/core.py", line 829, in __call__
return self.main(*args, **kwargs)
File "/opt/conda/lib/python3.8/site-packages/click/core.py", line 782, in main
rv = self.invoke(ctx)
File "/opt/conda/lib/python3.8/site-packages/click/core.py", line 1066, in invoke
return ctx.invoke(self.callback, **ctx.params)
File "/opt/conda/lib/python3.8/site-packages/click/core.py", line 610, in invoke
return callback(*args, **kwargs)
File "/opt/conda/lib/python3.8/site-packages/click/decorators.py", line 21, in new_func
return f(get_current_context(), *args, **kwargs)
File "/opt/conda/lib/python3.8/site-packages/papermill/cli.py", line 250, in papermill
execute_notebook(
File "/opt/conda/lib/python3.8/site-packages/papermill/execute.py", line 122, in execute_notebook
raise_for_execution_errors(nb, output_path)
File "/opt/conda/lib/python3.8/site-packages/papermill/execute.py", line 234, in raise_for_execution_errors
raise error
papermill.exceptions.PapermillExecutionError:
---------------------------------------------------------------------------
Exception encountered at "In [5]":
---------------------------------------------------------------------------
ValueError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-5-73b1e433c495> in <module>
2 split_JSON = "dataset_0.json"
3 datasets = data_dir + split_JSON
----> 4 datalist = load_decathlon_datalist(datasets, True, "training")
5 val_files = load_decathlon_datalist(datasets, True, "validation")
6 train_ds = CacheDataset(
/opt/conda/lib/python3.8/site-packages/monai/data/decathlon_datalist.py in load_decathlon_datalist(data_list_file_path, is_segmentation, data_list_key, base_dir)
114 """
115 if not os.path.isfile(data_list_file_path):
--> 116 raise ValueError(f"Data list file {data_list_file_path} does not exist.")
117 with open(data_list_file_path) as json_file:
118 json_data = json.load(json_file)
ValueError: Data list file /dataset/dataset_0.json does not exist.
Hướng dẫn đóng góp
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Hướng nghiên cứu
Bắt đầu với 3d_segmentation/unetr_btcv_segmentation_3d.ipynb, xem xét các phát hiện lint xung quanh split_JSON, dice_vals và vòng lặp step, sau đó kiểm tra cell In [5] cùng input /dataset/dataset_0.json của cell đó. Chạy các kiểm tra cron notebook và thực thi để xác nhận rằng các lỗi lint và lỗi do thiếu danh sách dữ liệu đã được khắc phục.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Đánh giá
- Công nghệ
- jupyter-notebook, python
- Lĩnh vực
- ci-cd, testing-qa
- Loại issue
- Lỗi
- Độ khó
- 3/5
- Thời gian dự kiến
- 1-2 ngày
- Mức độ hoạt động
- Đình trệ
- Độ rõ ràng
- Khá rõ ràng
- Mức phù hợp với người mới
- 35/100