PEtab-dev / PEtab-dev/libpetab-python
Validator does not check for required column `noiseFormula` in observables table
Đang mở
validation
- Ngôn ngữ chính
- Python
- Star
- 18
- Fork
- 9
- Chỉ số merge pull request
- Không có pull request nào được merge trong 30 ngày
Mô tả
Validator does not check for presence of the required column noiseFormula in observables table
See also https://github.com/PEtab-dev/PEtab/issues/259
EDIT: The validator would check for noiseFormula, if it wouldn't already fail during validating the measurement table:
Traceback (most recent call last):
File "bin/petablint", line 8, in <module>
sys.exit(main())
^^^^^^
File "/home/dweindl/src/libpetab-python/petab/petablint.py", line 132, in main
ret = petab.lint.lint_problem(problem)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/home/dweindl/src/libpetab-python/petab/lint.py", line 831, in lint_problem
check_measurement_df(problem.measurement_df, problem.observable_df)
File "/home/dweindl/src/libpetab-python/petab/lint.py", line 169, in check_measurement_df
measurements.assert_overrides_match_parameter_count(
File "/home/dweindl/src/libpetab-python/petab/measurements.py", line 256, in assert_overrides_match_parameter_count
observable_df[NOISE_FORMULA])}
~~~~~~~~~~~~~^^^^^^^^^^^^^^^
File "lib/python3.11/site-packages/pandas/core/frame.py", line 3761, in __getitem__
indexer = self.columns.get_loc(key)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "lib/python3.11/site-packages/pandas/core/indexes/base.py", line 3655, in get_loc
raise KeyError(key) from err
KeyError: 'noiseFormula'
So the problem is rather the order of the checks. And whether we want stop upon the first error, or continue checking other files.
Hướng dẫn đóng góp
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Đánh giá
Issue này chưa được đánh giá.