OpenSourceBrain / OpenSourceBrain/NetPyNEShowcase

Test pipeline NetPyNE-> NeuroML-> other simulators...

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主要語言
Python
星號
4
分支
2
PR 合併指標
30 天內沒有已合併 PR

描述

@salvadord was asking about options for examples of models built in NetPyNE, converted to NeuroML and then run successfully in another simulator. For various reasons EDEN is currently the best option for trying this.

I've added various OMV tests for running the generated NeuroML equivalents of NetPyNE models in EDEN, and the results are good so far. See test files ending jnmleden.omt here, the results of these are at https://github.com/OpenSourceBrain/NetPyNEShowcase/runs/6374237602?check_suite_focus=true.

As an example this: https://github.com/OpenSourceBrain/NetPyNEShowcase/blob/master/NetPyNE/HybridSmall/HybridSmall.py builds a small net with HH & Izhikevich cells, it gets generated to NML here: https://github.com/OpenSourceBrain/NetPyNEShowcase/blob/master/NeuroML2/HybridSmall.net.nml (see here for generating script).
The LEMS simulation file generated also (https://github.com/OpenSourceBrain/NetPyNEShowcase/blob/master/NeuroML2/LEMS_HybridSmall.xml) can be used to generate a Python script which loads the NML using the latest jnml or pynml:

jnml LEMS_HybridSmall.xml  -eden
# or ...
pynml LEMS_HybridSmall.xml  -eden

# then ...
python LEMS_HybridSmall_eden.py

This is what gets tested in OMV files like: https://github.com/OpenSourceBrain/NetPyNEShowcase/blob/master/NeuroML2/.test.hyizh.jnmleden.omt

cc @spanag

貢獻指南

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  1. 先讀完整個 Issue,再讀專案的貢獻指南。
  2. 在 Issue 下留言說明你要接手 —— 這能避免兩個人做同樣的事。
  3. Fork 儲存庫,在一個分支上完成修改。
  4. 送出 Pull Request,並在描述裡引用這個 Issue 編號。

研究方向

從 NeuroML2 下現有的、檔名以 jnmleden.omt 結尾的 OMV 測試檔案、產生的 LEMS_HybridSmall.xml 以及 regenerateAndTest.sh 開始。執行文件中記載的 jnml 或 pynml EDEN 指令,並檢查連結的 workflow 結果;該 issue 未將完成條件定義為超出在 EDEN 中驗證產生的 NeuroML 模型。

由索引模型根據 Issue 內容生成。

評估

技術堆疊
python
領域
testing
Issue 類型
功能
難度
4/5
預估耗時
3-5 天
活躍度
停滯
描述清晰度
需要釐清
新手友好度
30/100

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