OpenSourceBrain / OpenSourceBrain/NetPyNEShowcase
Test pipeline NetPyNE-> NeuroML-> other simulators...
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- Linguagem predominante
- Python
- Estrelas
- 4
- Forks
- 2
- Métricas de merge de PRs
- Nenhum PR com merge em 30d
Descrição
@salvadord was asking about options for examples of models built in NetPyNE, converted to NeuroML and then run successfully in another simulator. For various reasons EDEN is currently the best option for trying this.
I've added various OMV tests for running the generated NeuroML equivalents of NetPyNE models in EDEN, and the results are good so far. See test files ending jnmleden.omt here, the results of these are at https://github.com/OpenSourceBrain/NetPyNEShowcase/runs/6374237602?check_suite_focus=true.
As an example this: https://github.com/OpenSourceBrain/NetPyNEShowcase/blob/master/NetPyNE/HybridSmall/HybridSmall.py builds a small net with HH & Izhikevich cells, it gets generated to NML here: https://github.com/OpenSourceBrain/NetPyNEShowcase/blob/master/NeuroML2/HybridSmall.net.nml (see here for generating script).
The LEMS simulation file generated also (https://github.com/OpenSourceBrain/NetPyNEShowcase/blob/master/NeuroML2/LEMS_HybridSmall.xml) can be used to generate a Python script which loads the NML using the latest jnml or pynml:
jnml LEMS_HybridSmall.xml -eden
# or ...
pynml LEMS_HybridSmall.xml -eden
# then ...
python LEMS_HybridSmall_eden.py
This is what gets tested in OMV files like: https://github.com/OpenSourceBrain/NetPyNEShowcase/blob/master/NeuroML2/.test.hyizh.jnmleden.omt
cc @spanag
Guia de contribuição
Nenhum guia de contribuição indexado para este repositório
Primeiros passos
- Leia a issue inteira e depois o guia de contribuição do projeto.
- Comente na issue dizendo que vai assumir — evita que duas pessoas façam o mesmo trabalho.
- Faça um fork do repositório e trabalhe em uma branch.
- Abra um pull request que referencie o número da issue.
Direção de pesquisa
Comece pelos arquivos de teste OMV existentes em NeuroML2 que terminam em jnmleden.omt, pelo LEMS_HybridSmall.xml gerado e pelo regenerateAndTest.sh. Execute os comandos documentados de jnml ou pynml para EDEN e inspecione os resultados do workflow vinculado; a issue não define a conclusão além da validação de modelos NeuroML gerados no EDEN.
Escrita pelo modelo de indexação a partir do texto da issue.
Avaliação
- Stack de tecnologia
- python
- Domínio
- testing
- Tipo de issue
- Funcionalidade
- Dificuldade
- 4/5
- Tempo estimado
- 3-5 dias
- Status de atividade
- Estagnada
- Clareza
- Precisa de esclarecimento
- Facilidade para iniciantes
- 30/100