OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks

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Notebooks demonstrating how to do simple tasks related to free energy calculations.

Estrellas: 70
Forks: 15
Issues abiertos para principiantes: 0
Issues indexados: 38
Merge medio: 10 h 42 min
PR fusionados (30 d): 2

Lenguaje dominante: Jupyter Notebook
Licencia: MIT
Último push a GitHub: 15/9/2026
Última indexación: 19/9/2026
Guía de contribución: Sin guía de contribución
Código de conducta: Sin código de conducta
Etiquetas para principiantes: Sin etiquetas para principiantes indexadas

Para principiantes Todo

Abierto Todos

38 issues abiertos indexados

Merge cinnabar-absolute and cinnabar RBFE plotting docs Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 68/100

OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks#313 · Abierto el 15/6/2026
add headers to notebooks Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks#292 · Abierto el 11/2/2026
do we still want a colab link on PRs now what we have ReviewNB? Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks#279 · 1 comentario · Abierto el 11/12/2025
fix all warnings shown in example notebooks Abierto

OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks#277 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 10/12/2025
pin google colab runtime Abierto

OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks#241 · 1 reacción · 1 asignado · Abierto el 21/10/2025
add a `How to change water model notebook` Abierto

OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks#189 · 1 asignado · Abierto el 11/2/2025
add solvation details to showcase notebook Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks#183 · Abierto el 4/12/2024
User Guide review: execution Abierto

OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks#178 · 1 asignado · Abierto el 7/11/2024
should we still reference Perses in showcase notebook? Abierto

documentation

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 48/100

OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks#165 · 1 comentario · Abierto el 9/10/2024
To commit or not commit notebook output... Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks#164 · 4 comentarios · Abierto el 9/10/2024
Add examples to use multiple GPUs on HPC Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks#159 · 1 comentario · Abierto el 9/9/2024
Remove `benchmark_demo` notebook? Abierto

Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 48/100

OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks#154 · Abierto el 23/7/2024
Run OpenFE Doc building in this repo Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 20/100

OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks#142 · Abierto el 7/5/2024
TKY2 Result failure with gather Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks#141 · Abierto el 2/5/2024
Slim down results pulled into showcase Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks#140 · Abierto el 1/5/2024
Test everything that can be tested Abierto

OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks#130 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 21/4/2024
Showcase: Cinnabar usage Abierto

OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks#114 · 1 asignado · Abierto el 4/3/2024
Showcase: Include structural analysis section Abierto

OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks#113 · 1 asignado · Abierto el 4/3/2024
Showcase: Include energetics analysis section Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 30/100

OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks#112 · Abierto el 4/3/2024
Showcase: Include data created by execution in notebook repo Abierto

OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks#111 · 1 asignado · Abierto el 4/3/2024
Showcase: Document atom mapping scoring metrics Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks#107 · 1 comentario · Abierto el 4/3/2024
Notebook for RHFEs Abierto

1.0docdrive enhancement

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks#93 · Abierto el 19/1/2024
Make cookbook materials fetchables Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks#87 · Abierto el 10/10/2023
py3Dmol widgets not working Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks#82 · 1 comentario · Abierto el 1/9/2023
Add Coverage Reports Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks#80 · Abierto el 22/8/2023
reference data for TYK2 example Abierto

1.0docdrive

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 25/100

OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks#76 · 1 comentario · Abierto el 13/7/2023
Mention of OpenFF biopolymer FF is misleading Abierto

Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 55/100

OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks#74 · Abierto el 28/6/2023
Dry run does not return an empty dictionary Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 35/100

OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks#54 · Abierto el 28/4/2023
Test easyCampaign Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks#51 · 4 comentarios · Abierto el 19/4/2023
Add README files to all data clarifying provenance and status Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks#49 · Abierto el 12/4/2023
Update READMEs Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks#48 · Abierto el 12/4/2023
Rename openmm-rbfe to just relative_free_energy Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 35/100

OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks#47 · Abierto el 12/4/2023
setup unclear for a data repository Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 25/100

OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks#45 · Abierto el 12/4/2023
Clean up casing for notebooks Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 48/100

OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks#43 · Abierto el 12/4/2023
update wget command Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks#34 · Abierto el 19/1/2023
remove fetch command Abierto

1.0docdrive

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 38/100

OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks#21 · 1 comentario · Abierto el 5/8/2022
Installation instructions Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 52/100

OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks#12 · Abierto el 7/4/2022
Update License Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

OpenFreeEnergy/ExampleNotebooks#4 · Abierto el 1/3/2022

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