MetaCell / MetaCell/NetPyNE-UI

Observed issues in Experiments feature

オープン
#354 コメント 1 件 リアクション 0 件 担当者 0 名 GitHub で見る

まだ誰も着手していません。

主要言語
JavaScript
スター
23
フォーク
10
PR マージ指標
30日以内にマージされた PR はありません

説明

**Frontend**

Bugs

* [x] Edge case showing error "utils" is not defined for getExperiments when kernel crashed or sth bad happened (#381) .

* [x] How to handle Experiment with no parameters (no trials but one trial) in Launch Dialog? "All Trials" will trigger batch simulation but we don't have any exploration parameters. Should only allow to select "Base Model"?

* [x] Simulate button won't show LaunchDialog, only Model > Simulate

Improvements

* [x] JSONViewer performance issues with larger JSON files (#385)

* [x] Improve form validation - for existing params when editing an experiment, validation is not active because "field" wasn't fetched yet (#304)

* [ ] Available experiment parameters list should be updated when model changes (#386)

* [x] A user can create an arbitrary large number of trials with range type -> have to restrict that (#387)

**Backend**

Bugs

* [x] mpi - not enough slots available to statisfy 9 slots, although my machine has 16 cores (#372)

* [x] don't allow more than one experiment in design, have to delete existing experiment in design when we create a new one, currently just adding more experiments in design

* [x] Whitespaces in filenames cause issues for batch simulations (#384).

* [x] When we run a batch simulation and wait for the subprocess to complete, it never finishes. Some speciality with mpiexec? -> For now, all experiments will run non-blocking

Improvements

* [x] EditExperiment is inefficient because it loads all trials, have to load trials only in view experiment (#388)
* [x] Successful simulation exists only when writing of data file is completed (or file exists) - Currently, using workaround to wait for data files since exit of a simulation doesn't mean that the file exists, write operation can be delayed (#383)

**Netpyne**

* [ ] `netpyne.metadata` is not up-to-date, type doesn't seem right in some cases (float vs list) and some fields are missing (#377)

コントリビューションガイド

このリポジトリのコントリビューションガイドは索引されていません

はじめの一歩

  1. issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
  2. 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
  3. リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
  4. issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。

調査の方向性

未チェックの2項目を確認します。モデルが変更されたときに利用可能な実験パラメータのリストを更新し、`netpyne.metadata` の型と不足しているフィールドを修正します。関連する実験の Launch Dialog/モデル変更フローと、メタデータの定義またはコンシューマーから着手します。両方の動作に対応し、参照されている issue (#386 と #377) をクローズできれば完了です。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

評価

技術スタック
javascript
領域
backend, frontend
issue の種類
バグ
難易度
5/5
見積もり時間
1週間以上
活発さ
停滞
明瞭さ
説明が足りない
初心者へのやさしさ
15/100

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