MIT-LCP / MIT-LCP/wfdb-python

OverflowError with rdann on LUED annotations w/numpy 2.2

Đang mở
#522 3 bình luận 1 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Ngôn ngữ chính
Jupyter Notebook
Star
853
Fork
322
Chỉ số merge pull request
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Mô tả

Another area of incompatibility with numpy 2.2 I fear...

If I try

wfdb.rdann('physionet.org/files/ludb/1.0.0/1', extension='atr_ii')

or (for version 1.0.1)

wfdb.rdann('physionet.org/files/ludb/1.0.1/1', extension='ii')

I get:

---------------------------------------------------------------------------
OverflowError                             Traceback (most recent call last)
Cell In[38], line 2
      1 # os.path.join(folder_path, str(pid))
----> 2 wfdb.rdann('physionet.org/files/ludb/1.0.0/1', extension='atr_ii')

File ~/miniconda3/envs/pytorch-aline/lib/python3.12/site-packages/wfdb/io/annotation.py:1953, in rdann(record_name, extension, sampfrom, sampto, shift_samps, pn_dir, return_label_elements, summarize_labels)
   1950 filebytes = load_byte_pairs(record_name, extension, pn_dir)
   1952 # Get WFDB annotation fields from the file bytes
-> 1953 (sample, label_store, subtype, chan, num, aux_note) = proc_ann_bytes(
   1954     filebytes, sampto
   1955 )
   1957 # Get the indices of annotations that hold definition information about
   1958 # the entire annotation file, and other empty annotations to be removed.
   1959 potential_definition_inds, rm_inds = get_special_inds(
   1960     sample, label_store, aux_note
   1961 )

File ~/miniconda3/envs/pytorch-aline/lib/python3.12/site-packages/wfdb/io/annotation.py:2154, in proc_ann_bytes(filebytes, sampto)
   2146 # Process annotations. Iterate across byte pairs.
   2147 # Sequence for one ann is:
   2148 # - SKIP pair (if any)
   2149 # - samp + sym pair
   2150 # - other pairs (if any)
   2151 # The last byte pair of the file is 0 indicating eof.
   2152 while bpi < filebytes.shape[0] - 1:
   2153     # Get the sample and label_store fields of the current annotation
-> 2154     sample_diff, current_label_store, bpi = proc_core_fields(filebytes, bpi)
   2155     sample_total = sample_total + sample_diff
   2156     sample.append(sample_total)

File ~/miniconda3/envs/pytorch-aline/lib/python3.12/site-packages/wfdb/io/annotation.py:2240, in proc_core_fields(filebytes, bpi)
   2238 # Not a skip - it is the actual sample number + annotation type store value
   2239 label_store = filebytes[bpi, 1] >> 2
-> 2240 sample_diff += int(filebytes[bpi, 0] + 256 * (filebytes[bpi, 1] & 3))
   2241 bpi = bpi + 1
   2243 return sample_diff, label_store, bpi

OverflowError: Python integer 256 out of bounds for uint8

Using the command line rdann works fine, and it works after downgrading numpy 1.26. Seems likely related to #493 ?

Pertinent versions:
wfdb-python == 4.1.2
numpy == 2.2.1 (broken)
numpy == 1.26.4 (works)
python == 3.12

Hướng dẫn đóng góp

Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu trong wfdb/io/annotation.py tại rdann, proc_ann_bytes và proc_core_fields, nơi traceback đi đến lỗi tràn uint8. Chạy các ví dụ rdann của LUDB với NumPy 2.2.1 và 1.26.4, sau đó xác minh rằng việc tải annotation hoàn tất mà không có OverflowError trong phiên bản mới hơn.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Đánh giá

Công nghệ
numpy, python
Lĩnh vực
data
Loại issue
Lỗi
Độ khó
3/5
Thời gian dự kiến
1-2 ngày
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức phù hợp với người mới
45/100

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.