MIT-LCP / MIT-LCP/wfdb-python

calc_adc_params can produce off-by-one problems, crashing wrsamp

Offen
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Vorherrschende Sprache
Jupyter Notebook
Sterne
853
Forks
322
PR-Merge-Kennzahlen
Keine gemergten PRs in 30 T.

Beschreibung

I have some data that crashes wrsamp because calc_adc_params produces values that don't fit the data (off by one):

chmin = -2147483648
chmax = 2147483648
IndexError: Channel 0 contain values outside allowed range [-2147483648, 2147483647] for fmt 32

As you can see, chmax is just above the dmax of 2147483647 for 32.

This is some data for reproduction:
data.float32.zip

You can try it with:

data = np.reshape(np.fromfile("data.float32", dtype=np.float32), [-1, 12])
wfdb.wrsamp(
    record_name="test",
    sig_name=[f"d{x}" for x in range(12)],
    units=["mv"] * 12,
    fs=500,
#    fmt=["16"] * 12,
    p_signal=data
)

Note how passing fmt=16 fixes the problem in this particular case, probably by chance because it happens to not trigger the bug.

Beitragsleitfaden

Für dieses Repository ist kein Beitragsleitfaden indexiert

Erste Schritte

  1. Lies das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
  2. Schreib ins Issue, dass du es übernimmst — das erspart doppelte Arbeit.
  3. Forke das Repository und arbeite in einem Branch.
  4. Öffne einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.

Rechercherichtung

Beginne mit calc_adc_params, wie es von wfdb.wrsamp aufgerufen wird, und verwende die angehängte Datei data.float32 sowie das Reproduktions-Snippet, um den Fehler auszulösen. Untersuche, wie chmin und chmax für fmt 32 abgeleitet werden, und vergleiche sie mit dem zulässigen Bereich. Erledigt ist die Aufgabe, wenn die Reproduktion ohne einen IndexError abgeschlossen wird, während die Werte innerhalb der Formatgrenzen bleiben.

Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.

Bewertung

Tech-Stack
python
Bereich
data
Issue-Typ
Bug
Schwierigkeit
3/5
Geschätzter Aufwand
1-2 Tage
Aktivitätsstatus
Veraltet
Klarheit
Größtenteils klar
Anfängerfreundlichkeit
45/100

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