MIT-LCP / MIT-LCP/wfdb-python

wrsamp incorrectly saves samps_per_frame when expanded=False

Đang mở
#333 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Ngôn ngữ chính
Jupyter Notebook
Star
853
Fork
322
Chỉ số merge pull request
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Mô tả

When writing a record (header + signal file) using Record.wrsamp, the signal data may either be single-frequency (d_signal) or multi-frequency (e_d_signal).

If expanded=True, then wrsamp takes the data from e_d_signal (ignoring d_signal) and writes one or more multi-frequency signal files. In this case the record must also have a samps_per_frame attribute, and this attribute is written to the header file.

If expanded=False (default), then wrsamp takes the data from d_signal (ignoring e_d_signal) and writes one or more single-frequency signal files. In this case the samps_per_frame attribute is still written to the header file, which is completely incorrect.

Why would you have a Record that is single-frequency yet has samps_per_frame not equal to 1? Because that's what rdrecord does by default when you read a multi-frequency record.

So:

>>> import wfdb
>>> r = wfdb.rdrecord('43700001', pn_dir='mimicdb/437', sampto=10, physical=0)
>>> r.wrsamp()
>>> wfdb.rdrecord('43700001')
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/home/benjamin/wfdb-python/wfdb/io/record.py", line 3542, in rdrecord
    return_res=return_res)
  File "/home/benjamin/wfdb-python/wfdb/io/_signal.py", line 1010, in _rd_segment
    sampfrom, sampto, smooth_frames)[:, r_w_channel[fn]]
  File "/home/benjamin/wfdb-python/wfdb/io/_signal.py", line 1151, in _rd_dat_signals
    sig_data = _blocks_to_samples(sig_data, total_process_samples, fmt)
  File "/home/benjamin/wfdb-python/wfdb/io/_signal.py", line 1460, in _blocks_to_samples
    sig[0::2] = sig_data[0::3] + 256 * np.bitwise_and(sig_data[1::3], 0x0f)
ValueError: could not broadcast input array from shape (30) into shape (75)

(Arguably it's wrong for rdrecord to set samps_per_frame when smooth_frames=True, but changing that behavior would be hard to reconcile with rdheader, and would prevent implementing automatic frame-smoothing as I suggested in https://github.com/MIT-LCP/wfdb-python/pull/313#issuecomment-952033980)

Hướng dẫn đóng góp

Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu với Record.wrsamp và so sánh cách các nhánh expanded=True và expanded=False xử lý samps_per_frame. Tái hiện sự cố bằng cách sử dụng rdrecord với bản ghi MIMIC được hiển thị, sau đó kiểm tra đường dẫn đọc trong wfdb/io/_signal.py. Được xem là hoàn tất khi một bản ghi một tần số được ghi bằng expanded=False có thể được đọc lại mà không có thiết lập frame không chính xác, trong khi hành vi của expanded=True vẫn hợp lệ.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Đánh giá

Công nghệ
python
Lĩnh vực
data
Loại issue
Lỗi
Độ khó
3/5
Thời gian dự kiến
1-2 ngày
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức phù hợp với người mới
48/100

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.