JuliaPy / JuliaPy/PythonCall.jl

Conflict between julia and python binaries/artifacts

Đang mở
#397 7 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub
bug
Ngôn ngữ chính
Julia
Star
1.1k
Fork
86
Merge trung bình
1 ngày 22 giờ
Pull request đã merge (30 ngày)
3

Mô tả

**Affects:** JuliaCall

**Describe the bug**
When using a conda/mamba environment and juliacall I encountered an issue when NetCDF files are read by the julia code. When trying to read the files the julia code would raise the following error and crash the kernel:
```sh
symbol lookup error: .../.julia/artifacts/*/lib/netcdf.so: undefined symbol: H5Pset_all_coll_metadata_ops
```

It turns out that this error only occured if python packages depending on netCDF were imported.

For example, the following code would crash:

```py
import esmpy
from juliacall import Main as jl

jl.seval("using NCDatasets")
ds = jl.Dataset("file.nc")
```

While this runs fine:
```py
from juliacall import Main as jl

jl.seval("using NCDatasets")
ds = jl.Dataset("file.nc")
```

**Workaround:**
I managed to avoid this crash by ensuring that the Julia and Python packages used the exact same version of the netcdf5 and hdf5 binaries, in which case things went fine.
However, this can be very challenging to do.

Hướng dẫn đóng góp

Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này

Hướng nghiên cứu

Start by reproducing the two Python examples involving esmpy, juliacall, NCDatasets, and file.nc, then compare the loaded netcdf and hdf5 binaries. Trace where the Julia and Python environments select conflicting artifacts. Done means the demonstrated import order no longer crashes with the undefined H5Pset_all_coll_metadata_ops symbol.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Đánh giá

Công nghệ
julia, python
Lĩnh vực
backend
Loại issue
Lỗi
Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Độ rõ ràng
Cần làm rõ
Mức phù hợp với người mới
35/100

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.