handling arrays with missing values (with possible solution)
- Ngôn ngữ chính
- Julia
- Star
- 1.5k
- Fork
- 186
- Chỉ số merge pull request
- Không có pull request nào được merge trong 30 ngày
Mô tả
I would like to plot (with PyPlot) an array containing missing values:
```julia
using PyPlot, Missings
d = [missing 1; 2 3]
pcolor(d)
```
Unfortunately, I get the following error with PyCall v1.18.5, PyPlot v2.6.3 and Julia v1.0.1:
```
PyError ($(Expr(:escape, :(ccall(#= /home/abarth/.julia/packages/PyCall/0jMpb/src/pyfncall.jl:44 =# @pysym(:PyObject_Call), PyPtr, (PyPtr, PyPtr, PyPtr), o, pyargsptr, kw)))))
TypeError('unorderable types: PyCall.jlwrap() <= int()',)
File "/home/abarth/.local/lib/python3.5/site-packages/matplotlib/pyplot.py", line 2761, in pcolor
**kwargs)
File "/home/abarth/.local/lib/python3.5/site-packages/matplotlib/__init__.py", line 1810, in inner
return func(ax, *args, **kwargs)
File "/home/abarth/.local/lib/python3.5/site-packages/matplotlib/axes/_axes.py", line 5785, in pcolor
collection.autoscale_None()
File "/home/abarth/.local/lib/python3.5/site-packages/matplotlib/cm.py", line 375, in autoscale_None
self.norm.autoscale_None(self._A)
File "/home/abarth/.local/lib/python3.5/site-packages/matplotlib/colors.py", line 988, in autoscale_None
self.vmin = A.min()
File "/home/abarth/.local/lib/python3.5/site-packages/numpy/core/_methods.py", line 32, in _amin
return umr_minimum(a, axis, None, out, keepdims, initial)
Stacktrace:
[1] pyerr_check at /home/abarth/.julia/packages/PyCall/0jMpb/src/exception.jl:60 [inlined]
[2] pyerr_check at /home/abarth/.julia/packages/PyCall/0jMpb/src/exception.jl:64 [inlined]
[3] macro expansion at /home/abarth/.julia/packages/PyCall/0jMpb/src/exception.jl:84 [inlined]
[4] __pycall!(::PyCall.PyObject, ::Ptr{PyCall.PyObject_struct}, ::PyCall.PyObject, ::Ptr{Nothing}) at /home/abarth/.julia/packages/PyCall/0jMpb/src/pyfncall.jl:44
[5] _pycall!(::PyCall.PyObject, ::PyCall.PyObject, ::Tuple{Array{Union{Missing, Int64},2}}, ::Int64, ::Ptr{Nothing}) at /home/abarth/.julia/packages/PyCall/0jMpb/src/pyfncall.jl:22
[6] #pycall#88 at /home/abarth/.julia/packages/PyCall/0jMpb/src/pyfncall.jl:11 [inlined]
[7] pycall at /home/abarth/.julia/packages/PyCall/0jMpb/src/pyfncall.jl:86 [inlined]
[8] #pcolor#81(::Base.Iterators.Pairs{Union{},Union{},Tuple{},NamedTuple{(),Tuple{}}}, ::Function, ::Array{Union{Missing, Int64},2}) at /home/abarth/.julia/packages/PyPlot/fZuOQ/src/PyPlot.jl:179
[9] pcolor(::Array{Union{Missing, Int64},2}) at /home/abarth/.julia/packages/PyPlot/fZuOQ/src/PyPlot.jl:176
[10] top-level scope at In[1]:3
```
However, if declare the following convertion rule in PyCall, the plotting works:
```julia
using PyCall
using PyCall: PyObject
function PyObject(a::Array{Union{T,Missing},N}) where {T,N}
numpy_ma = pyimport("numpy")["ma"]
pycall(numpy_ma["array"], Any, coalesce.(a,zero(T)), mask=ismissing.(a))
end
pcolor(d)
```
The function `PyCall` creates essentially a numpy masked array. All missing values are replaced by zero and a mask is given to indicate which values are missing.
Can this be added to PyCall?
Hướng dẫn đóng góp
Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này
Hướng nghiên cứu
Bắt đầu với điểm vào chuyển đổi PyObject của PyCall và lệnh gọi chuyển đổi được nêu trong issue, sau đó tái hiện ví dụ pcolor của PyPlot bằng một mảng có các giá trị thiếu. So sánh việc chuyển đổi numpy.ma được đề xuất với hành vi xung quanh pyfncall.jl:44 và PyPlot.jl:176-179; hoàn thành có nghĩa là ví dụ truyền các giá trị thiếu dưới dạng một mảng NumPy được mask.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Đánh giá
- Công nghệ
- julia, numpy, python
- Lĩnh vực
- tooling
- Loại issue
- Tính năng
- Độ khó
- 4/5
- Thời gian dự kiến
- 3-5 ngày
- Mức độ hoạt động
- Đình trệ
- Độ rõ ràng
- Khá rõ ràng
- Mức phù hợp với người mới
- 42/100