Using real database instead of using `.json` files as database

Advanced of #1894

I found a performance bottleneck: `atomicWrite` of `sites.json`.
This is significant when seeding many sites + sites frequency update.

When using `.json` files as database, if one row updates, whole file need to rewrite.
When using real database, if one row updates, only related disk sector need to rewrite.

Issue chỉ nêu atomicWrite và sites.json, không có file nào trong repository hoặc test. Hãy bắt đầu bằng cách xác định đường dẫn ghi đó cùng các caller thực hiện seeding và cập nhật tần suất; làm rõ lựa chọn cơ sở dữ liệu, phạm vi migration và các tiêu chí hoàn thành có thể đo lường trước khi triển khai.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.