Replicate folder structure option for generate-ref script

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## Feature request ##

Concepts of namespaces don't exist in GDScript, however, it's useful in an API reference to have sections separated by themes or namespaces, for specific areas of the API.

The generate-ref script could benefit from a "replicate folder structure" option, where the project's folder structure is replicated inside generated docs. It would allow large codebases API to be structured in the same way and be easier to navigate. Specifying a max-depth could also be useful, as one could just want to sort API docs by top-level folder structure.

まず generate-ref スクリプトを見つけ、現在どのように生成された API ドキュメントを整理しているかを読みます。フォルダーの複製とオプションの max-depth が出力にどのような影響を与えるべきかを定義し、その後、大規模な GDScript コードベースが既存の生成動作を壊すことなくソースフォルダーに従って整理されることを確認します。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。