Create flow diagram for MUSE

At the moment, the workflow of the program is obscure for end users, and even for developers who might need to improve and add new components. This task has as main priority to make this workflow explicit for all stakeholders.

It is split into the following subtasks:

- [x] #111
- [x] #112
- [x] #113
- [x] #114

The flow diagrams can probably be created by us, but documenting the scientific and numerical assumptions will need the involvement of @sgiarols .

まず、完了したサブタスク #111、#112、#113、#114 を確認し、そこに記載されたワークフローを理解します。MUSE ワークフローを明示するフローダイアグラムを作成し、@sgiarols の協力を得て科学的および数値的な前提を文書化します。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。