DiamondLightSource / DiamondLightSource/python-icebreaker

Cannot convert float NaN to integer

Đang mở
#10 1 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub
Ngôn ngữ chính
Python
Star
11
Fork
6
Chỉ số merge pull request
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Mô tả

Hi I run the test jobs to "flatten" and to "group" micrographs through relion. These jobs completed successfully. Now, I selected my particles in relion and I am trying to assign ice thickness coeficient. I use the ib_group.py, input mics from grouped_micrographs.star and selected particles.star without any parameter settings and single-threaded.

The job throws this error:

Traceback (most recent call last):
File "python-icebreaker-master/src/icebreaker/cli/ib_group.py", line 79, in
main()
File "python-icebreaker-master/src/icebreaker/cli/ib_group.py", line 70, in main
run_job(project_dir, job_dir, other_args)
File "python-icebreaker-master/src/icebreaker/cli/ib_group.py", line 34, in run_job
ib_igroups.main

File "/home/exx/Application/anaconda3/lib/python3.8/site-packages/icebreaker_em-0.3.5-py3.8.egg/icebreaker/ice_groups.py", line 65, in main
ice_groups.append(int(micro_now[y1][x1] * 10000))
ValueError: cannot convert float NaN to integer

What could be the reason? I tried converting group_micrographs.star file using relion_convert_star to match the format of the native particle.star. Files I used by default are attached.

Could you please take a lot, as I would really like to test the capacity of the IceBreaker.

Thank you
[icebreaker_ptcl-proc-inputs.zip](https://github.com/DiamondLightSource/python-icebreaker/files/8672898/icebreaker_ptcl-proc-inputs.zip)

Hướng dẫn đóng góp

Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này

Đánh giá

Issue này chưa được đánh giá.

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.