DiamondLightSource/httomo

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High-throughput tomography pipeline

Stelle: 10
Fork: 5
Issue aperte per principianti: 0
Issue indicizzate: 116
Merge medio: 5g 17h
PR unite (30g): 1

Lingua principale: Python
Licenza: Nessun dato sulla licenza
Ultimo push su GitHub: 27/8/2026
Ultima indicizzazione: 15/9/2026
Guida per i contributori: Nessuna guida per i contributori
Codice di condotta: Nessun codice di condotta
Label per principianti: Nessuna label per principianti indicizzata

Aperta Tutte

116 issue aperte indicizzate

Use DAGs ("directed acyclic graphs") to inform the re-running of a pipeline Aperta

enhancement

DiamondLightSource/httomo#11 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Verify the number of MPI processes to use for a run before launching a cluster job Aperta

enhancement

DiamondLightSource/httomo#52 · 0 commenti · 1 reazione · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Document performance of in-memory reslice operation on real data Aperta

documentation

DiamondLightSource/httomo#85 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
`sino_360_to_180` method changing data shape breaks GPU loop Aperta

bug

DiamondLightSource/httomo#160 · 1 commento · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Improve CPU memory efficiency Aperta

enhancement framework

DiamondLightSource/httomo#170 · 4 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Move index calculations out of `StandardTomoLoader` Aperta

enhancement loader

DiamondLightSource/httomo#208 · 1 commento · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Enable `StandardTomoLoader` to load sinogram blocks Aperta

enhancement loader

DiamondLightSource/httomo#211 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Add ignoring specific projections feature to `StandardTomoLoader` Aperta

enhancement loader

DiamondLightSource/httomo#221 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Update `MonitoringInterface.write_results()` to use an IO protocol rather than `typing.TextIO` Aperta

enhancement

DiamondLightSource/httomo#226 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Replace angles length consistency check appropriately Aperta

enhancement

DiamondLightSource/httomo#236 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Replace any remaining references to `dataset` with `block` Aperta

enhancement

DiamondLightSource/httomo#237 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Check for missing method parameters in pipeline config with YAML checker Aperta

enhancement

DiamondLightSource/httomo#241 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Performance benchmarks Aperta

DiamondLightSource/httomo#247 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Add tests for YAML generator Aperta

testing

DiamondLightSource/httomo#255 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Remove unused `_get_discard_data_out()` function from YAML template generator Aperta

enhancement minor

DiamondLightSource/httomo#258 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Don't rely on `output_folder` global variable in YAML generator Aperta

minor

DiamondLightSource/httomo#259 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Fix `StandardTomoLoader` not being garbage collected until program termination Aperta

bug enhancement loader

DiamondLightSource/httomo#266 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Add checks for obvious incorrect data values in optional debug run Aperta

enhancement

DiamondLightSource/httomo#267 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Question about github mechanisms for checking PR readiness before merge Aperta

question

DiamondLightSource/httomo#273 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Segfault in `Alltoallv()` operation in reslice Aperta

bug enhancement

DiamondLightSource/httomo#274 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Remove unused imports in various python files Aperta

minor

DiamondLightSource/httomo#293 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Add loader for loading images Aperta

enhancement loader

DiamondLightSource/httomo#295 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Type-hint the data type of numpy/cupy arrays with `np.typing.NDArray` and `cp.typing.NDArray` Aperta

enhancement minor

DiamondLightSource/httomo#297 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Based on first method's pattern, infer whether loader should load blocks as projections or sinograms Aperta

enhancement loader

DiamondLightSource/httomo#298 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Investigate other means of reporting block processing progress Aperta

enhancement

DiamondLightSource/httomo#303 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Debug log message if try/except cupy import fails in `cli.py` Aperta

logging minor

DiamondLightSource/httomo#310 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Fix small typo in `_get_middle_slice_indices()` docstring Aperta

minor

DiamondLightSource/httomo#312 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 15/9/2026
Move pipeline file extension check to YAML checker -> question regarding a generic pipeline checker Aperta

question

DiamondLightSource/httomo#313 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Choose a more descriptive parameter name in place of `i` in `UiLayer._append_methods_list()` Aperta

minor

DiamondLightSource/httomo#314 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Remove redundant loader check in UI layer Aperta

minor

DiamondLightSource/httomo#315 · 1 commento · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Choose a more descriptive parameter name in place of `v` in `check_valid_ref_id()` Aperta

minor

DiamondLightSource/httomo#316 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Remove any duplication of side output checking between UI layer and YAML checker? Aperta

minor question

DiamondLightSource/httomo#317 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
"Refactor nested if" comment, probably referring to `DataSetStoreReader._reslice()` Aperta

refactor

DiamondLightSource/httomo#318 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Don't assume cwd is root dir in relative paths in `conftest.py` Aperta

minor testing

DiamondLightSource/httomo#320 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Nonexistent method in pipeline YAML causes YAML checker to fail unexpectedly Aperta

bug

DiamondLightSource/httomo#331 · 3 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Log absolute path of input data in loader Aperta

logging

DiamondLightSource/httomo#337 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Remove unnecessary globbing pattern in package data section of `pyproject.toml` Aperta

minor packaging

DiamondLightSource/httomo#342 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Replace redundant globbing in package data section in `pyproject.toml` Aperta

minor packaging

DiamondLightSource/httomo#343 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Generate YAML template for `standard_tomo` from new block loader Aperta

enhancement loader

DiamondLightSource/httomo#349 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Remove unnecessary dependency of `mpi4py` in `standard_tomo.py` Aperta

loader

DiamondLightSource/httomo#350 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Remove `mpi4py` dependency from conda package build config Aperta

enhancement packaging

DiamondLightSource/httomo#351 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Templates testing Aperta

DiamondLightSource/httomo#370 · 1 commento · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Remove unnecessary `pass` in `elif` block `_build_kwargs()` generic wrapper(?) Aperta

minor

DiamondLightSource/httomo#374 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Do something with undocumented `pass` in `GenericMethodWrapper._build_kwargs()` Aperta

minor

DiamondLightSource/httomo#375 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
YAML checker fails to detect incorrect angles path in loader config Aperta

bug

DiamondLightSource/httomo#378 · 1 commento · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Sinogram centering method for multiple vertical slices Aperta

enhancement

DiamondLightSource/httomo#379 · 2 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Add pipeline files with invalid syntax to UI layer tests Aperta

testing

DiamondLightSource/httomo#381 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Restructure methods database to avoid redundant information in path Aperta

minor

DiamondLightSource/httomo#382 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
OpenMPI setting for saving compressed hdf5 chunks Aperta

documentation

DiamondLightSource/httomo#389 · 1 commento · 1 reazione · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026
Unnecessary `workflow_dispatch` in docs github action workflow? Aperta

ci question

DiamondLightSource/httomo#391 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 15/9/2026

DiamondLightSource/httomo

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