DiODeProject/MuMoT

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Multiscale Modelling Tool - mathematical modelling without the maths

Estrellas: 24
Forks: 5
Issues abiertos para principiantes: 0
Issues indexados: 59

Lenguaje dominante: Python
Licencia: GPL-3.0
Último push a GitHub: 18/3/2022
Última indexación: 15/9/2026
Guía de contribución: Sin guía de contribución
Código de conducta: Sin código de conducta
Etiquetas para principiantes: help wanted good first issue
Métricas de merge de PR: Sin PR fusionados en 30 d

Abierto Todos

59 issues abiertos indexados

Add dynamic plotting while computation is running (especially useful for multiagent simulations) Abierto

enhancement

DiODeProject/MuMoT#7 · 3 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado · Indexado el 15/9/2026
Add color selection by user for state Abierto

enhancement

DiODeProject/MuMoT#11 · 1 comentario · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 15/9/2026
Add bounded arena Abierto

enhancement

DiODeProject/MuMoT#15 · 3 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado · Indexado el 15/9/2026
Figure download is not working on Chrome Abierto

wontfix

DiODeProject/MuMoT#21 · 2 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 15/9/2026
View logs lag plots in interactive mode Abierto

bug

DiODeProject/MuMoT#26 · 0 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado · Indexado el 15/9/2026
An error in Jupyter cell stops the plotting of previous figures Abierto

wontfix

DiODeProject/MuMoT#55 · 1 comentario · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 15/9/2026
Vector and stream could have first parameters as optional (and set through widgets) Abierto

enhancement

DiODeProject/MuMoT#95 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 15/9/2026
Improve quality of visualise images and LaTeX rendering Abierto

DiODeProject/MuMoT#130 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 15/9/2026
Refactor code moving members into base classes where possible Abierto

DiODeProject/MuMoT#132 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 15/9/2026
The dropdown widget of MuMoTstochasticSimulationController for the Final distribution visualisation does not render latex correctly Abierto

wontfix

DiODeProject/MuMoT#136 · 1 comentario · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 15/9/2026
Allow multicontrollers to encapsulate multiple models Abierto

enhancement

DiODeProject/MuMoT#141 · 0 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado · Indexado el 15/9/2026
Allow for creating models from Python strings Abierto

enhancement good first issue

DiODeProject/MuMoT#156 · 6 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado · Indexado el 15/9/2026
LaTeX in output cells slow to render Abierto

bug

DiODeProject/MuMoT#162 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 15/9/2026
Add plot of noise spectrum from noise solutions Abierto

enhancement

DiODeProject/MuMoT#165 · 0 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado · Indexado el 15/9/2026
Use nbval to perform regression testing on MuMoTtest.ipynb Abierto

enhancement testing

DiODeProject/MuMoT#187 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 15/9/2026
Readthedocs should open external sites in new browser windows Abierto

documentation enhancement

DiODeProject/MuMoT#198 · 2 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 15/9/2026
Use parser library in parseModel Abierto

enhancement

DiODeProject/MuMoT#199 · 1 comentario · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 15/9/2026
Add figures based on parameter sweeps of numerical simulations Abierto

enhancement

DiODeProject/MuMoT#212 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 15/9/2026
Stream lines shading should be scaled to avoid barely visible stream lines Abierto

enhancement

DiODeProject/MuMoT#218 · 2 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado · Indexado el 15/9/2026
Allow substitute() to perform simple reactants scaling and time scaling Abierto

enhancement

DiODeProject/MuMoT#222 · 0 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado · Indexado el 15/9/2026
Feature request: create and save animated gif of multiagent or SSA runtime plots Abierto

enhancement

DiODeProject/MuMoT#224 · 0 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado · Indexado el 15/9/2026
Feature request: support for 2-simplex (ternary) plot Abierto

enhancement

DiODeProject/MuMoT#225 · 2 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado · Indexado el 15/9/2026
Expand options for types of graphs in multiagent() network topology Abierto

enhancement

DiODeProject/MuMoT#226 · 0 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado · Indexado el 15/9/2026
SSA multiple runs plots: change box plots for shaded confidence intervals Abierto

enhancement

DiODeProject/MuMoT#227 · 0 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado · Indexado el 15/9/2026
Bifurcation() fails to find all branches Abierto

help wanted question

DiODeProject/MuMoT#228 · 2 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado · Indexado el 15/9/2026
Implement model cell bookmarking Abierto

enhancement

DiODeProject/MuMoT#244 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 15/9/2026
Implement more sophisticated analytic and numerical noise solutions / approximations Abierto

enhancement help wanted

DiODeProject/MuMoT#251 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 15/9/2026
remove MuMoTcontroller._plotLimitsWidget and use the self._widgetsExtraParams['plotLimits'] Abierto

enhancement

DiODeProject/MuMoT#281 · 4 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 15/9/2026
showNoise in MuMoTfieldControllers should be treated as all other parameters and a widget created accordingly Abierto

enhancement

DiODeProject/MuMoT#282 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 15/9/2026
MuMoTfieldController should include the toggle 'plotProportions' as most other controllers do Abierto

enhancement

DiODeProject/MuMoT#283 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 15/9/2026
aggregateResults toggle in MuMoTfieldController should only trigger replotting without re-computing all data Abierto

enhancement

DiODeProject/MuMoT#284 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 15/9/2026
Check advanced multicontroller bookmarks Abierto

bug

DiODeProject/MuMoT#292 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 15/9/2026
Enable result download for non-stochastic simulation views Abierto

enhancement

DiODeProject/MuMoT#305 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 15/9/2026
Implement custom download results widget Abierto

enhancement

DiODeProject/MuMoT#308 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 15/9/2026
Consider DOI release assignment strategy Abierto

documentation question

DiODeProject/MuMoT#319 · 1 comentario · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 15/9/2026
Consider pointing binder icon to latest release branch Abierto

documentation enhancement question

DiODeProject/MuMoT#320 · 2 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado · Indexado el 15/9/2026
Greek letters should be used consistently in all functions Abierto

DiODeProject/MuMoT#324 · 2 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado · Indexado el 15/9/2026
Test suite: run all notebooks in one or more dirs rather than explicitly named notebooks Abierto

enhancement testing

DiODeProject/MuMoT#325 · 9 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado · Indexado el 15/9/2026
Enhance random walk computation Abierto

enhancement

DiODeProject/MuMoT#326 · 0 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado · Indexado el 15/9/2026
Update contributors Abierto

documentation

DiODeProject/MuMoT#327 · 2 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado · Indexado el 15/9/2026
Add type hints Abierto

enhancement

DiODeProject/MuMoT#328 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 15/9/2026
1d stream plot does not appear in full after re-generation using sliders Abierto

bug help wanted

DiODeProject/MuMoT#329 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 15/9/2026
Replace global var figcounter with matplotlib.pyplot.get_fignums()? Abierto

DiODeProject/MuMoT#333 · 1 comentario · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 15/9/2026
Document 1d and 3d stream plots Abierto

documentation

DiODeProject/MuMoT#335 · 0 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado · Indexado el 15/9/2026
Visualise noise in 3d stream plot Abierto

enhancement

DiODeProject/MuMoT#336 · 0 comentarios · 0 reacciones · 2 asignados · Indexado el 15/9/2026
Add unit tests Abierto

testing

DiODeProject/MuMoT#339 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 15/9/2026
Clean exceptions Abierto

DiODeProject/MuMoT#352 · 3 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 15/9/2026
Multicontrollers missing some advanced options Abierto

bug

DiODeProject/MuMoT#353 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 15/9/2026
Muticontroller plot warning Abierto

warning

DiODeProject/MuMoT#355 · 1 comentario · 0 reacciones · 1 asignado · Indexado el 15/9/2026
Reduce runtime of CI jobs? Abierto

enhancement question

DiODeProject/MuMoT#366 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados · Indexado el 15/9/2026

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