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DCAN-Labs
35 repositorios indexados · Ver en GitHub
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abcd-hcp-pipeline
bids application for processing functional MRI data, robust to scanner, acquisition and age variability.
Python · 59 estrellas
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functional-random-forest
Functional Analysis with Random Forests
MATLAB · 22 estrellas
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MATLAB · 15 estrellas
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cifti-connectivity
Script to generate correlation matrices from BOLD dense or parcellated time series data.
MATLAB · 13 estrellas
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BIBSnet
This BIDS App provides the utility of creating a nnU-Net anatomical MRI segmentation and mask with a infant brain trained model. It can ...
Python · 13 estrellas
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dcan_bold_processing
functional connectivity preprocessing for resting state fMRI outputs of the dcan-fmri-pipelines
MATLAB · 9 estrellas
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file-mapper
An easy tool to copy/move/symlink files from one directory to the other!
Python · 8 estrellas
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infant-abcd-bids-pipeline
Human infant pipeline, based on abcd-hcp-pipeline, to process fMRI data.
Python · 8 estrellas
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DCAN-HCP
The DCAN Lab's version of the minimal preprocessing pipeline for the Human Connectome Project
Shell · 7 estrellas
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nhp-abcd-bids-pipeline
Non-human primate (i.e., macaque) pipeline, based on abcd-hcp-pipeline, to process fMRI data.
Python · 6 estrellas
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movement_regressors_power_plots
Correction of respiratory artifacts in MRI head motion estimates
MATLAB · 5 estrellas
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abcd-bids-tfmri-pipeline
Pipeline to complete within-run and between-runs analyses of task-based fMRI dense timeseries data. This tool works with data that were m...
Python · 4 estrellas
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dcan-macaque-pipeline
The actual pipeline code, based on hcp, for non-human-primates - sp macaques.
Shell · 3 estrellas
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cdni-brain
readthedocs for CDNI collaborators and members
3 estrellas
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CABINET
CABINET is a utility that standardizes subsequent container execution. Emphasizing reproducibility, users can share JSONs to exactly repl...
Python · 1 estrella
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Python · 1 estrella
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SLURM_wrappers
Bash and Python wrappers for SLURM that streamline HPC job submission, AWS S3 data transfers, and disk-based workflows; adaptable to any ...
Shell · 1 estrella
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QSIPREP_HBCD_QC
Tool to make QC images for HBCD's QSIPREP Output
Python · 1 estrella
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Python · 1 estrella
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OSPREY_BIDS
Houses the Dockerfile used to compile OSPREY
Python · 1 estrella
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documentation
DCAN-Labs/movement_regressors_power_plots#1 · 1 comentario · 0 reacciones · 1 asignado ·
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bug medium priority
DCAN-Labs/bids-tryworks#2 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados ·
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enhancement high priority
DCAN-Labs/bids-tryworks#3 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados ·
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enhancement
DCAN-Labs/bids-tryworks#4 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados ·
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enhancement
DCAN-Labs/bids-tryworks#5 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados ·
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bug enhancement
DCAN-Labs/bids-tryworks#6 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados ·
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duplicate enhancement
DCAN-Labs/bids-tryworks#7 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados ·
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bug enhancement
DCAN-Labs/bids-tryworks#8 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados ·
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enhancement
DCAN-Labs/bids-tryworks#9 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados ·
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Move secret key to .env file Abiertobug low priority
DCAN-Labs/bids-tryworks#10 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados ·
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Update Documentation/SOP Abiertodocumentation medium priority
DCAN-Labs/bids-tryworks#11 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados ·
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enhancement medium priority
DCAN-Labs/bids-tryworks#12 · 1 comentario · 0 reacciones · 0 asignados ·
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bug low priority
DCAN-Labs/bids-tryworks#13 · 2 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado ·
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high priority question
DCAN-Labs/bids-tryworks#15 · 0 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado ·
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Clarity of search parameters Abiertoenhancement question
DCAN-Labs/bids-tryworks#16 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados ·
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enhancement question
DCAN-Labs/bids-tryworks#17 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados ·
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Exacloud compatibility? Abiertoenhancement question
DCAN-Labs/bids-tryworks#18 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados ·
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bug help wanted high priority
DCAN-Labs/bids-tryworks#19 · 1 comentario · 0 reacciones · 0 asignados ·
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enhancement
DCAN-Labs/bids-tryworks#20 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados ·
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bug documentation good first issue
DCAN-Labs/bids-tryworks#21 · 8 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados ·
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DCAN-Labs/bids-tryworks#22 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados ·
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DCAN-Labs/bids-tryworks#26 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados ·
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Error if missing T2w Abierto
DCAN-Labs/daic2hcp#5 · 0 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado ·
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bug low priority
DCAN-Labs/dicom-harpooner#2 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados ·
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bug enhancement good first issue low priority
DCAN-Labs/dicom-harpooner#3 · 4 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado ·
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Update Documentation Abiertodocumentation low priority
DCAN-Labs/dicom-harpooner#8 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados ·
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enhancement medium priority
DCAN-Labs/dicom-harpooner#10 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados ·
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Adjust Fields in search window Abiertoenhancement low priority
DCAN-Labs/dicom-harpooner#11 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados ·
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enhancement medium priority
DCAN-Labs/dicom-harpooner#13 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados ·
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DCAN-Labs/cifti-connectivity#1 · 1 comentario · 0 reacciones · 0 asignados ·
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DCAN-Labs/cifti-connectivity#2 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados ·
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DCAN-Labs/cifti-connectivity#3 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados ·
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DCAN-Labs/cifti-connectivity#4 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados ·
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enhancement
DCAN-Labs/CustomClean#4 · 0 comentarios · 0 reacciones · 2 asignados ·
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Change all global variables into local variables passed between functions in cleaning_script.py Abiertoenhancement
DCAN-Labs/CustomClean#5 · 0 comentarios · 0 reacciones · 2 asignados ·
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enhancement
DCAN-Labs/CustomClean#7 · 0 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado ·
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polish script Abierto
DCAN-Labs/ABCC-participants#1 · 2 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado ·
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dir_search_scripts Abierto
DCAN-Labs/MSI-utilities#2 · 0 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado ·
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error_query Abierto
DCAN-Labs/MSI-utilities#3 · 0 comentarios · 0 reacciones · 2 asignados ·
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find_and_replace Abierto
DCAN-Labs/MSI-utilities#4 · 0 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado ·
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get_max_fairshare Abierto
DCAN-Labs/MSI-utilities#5 · 2 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado ·
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misc_bash_utilities_jacob Abierto
DCAN-Labs/MSI-utilities#6 · 0 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado ·
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modify_zip Abierto
DCAN-Labs/MSI-utilities#7 · 0 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado ·
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query_cubids_errors Abierto
DCAN-Labs/MSI-utilities#8 · 0 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado ·
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s3_get_x500 Abierto
DCAN-Labs/MSI-utilities#9 · 0 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado ·
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session_tsv_maker Abierto
DCAN-Labs/MSI-utilities#10 · 0 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado ·
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sync_verify Abierto
DCAN-Labs/MSI-utilities#11 · 1 comentario · 0 reacciones · 1 asignado ·
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add data stewards Abierto
DCAN-Labs/MSI-utilities#12 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados ·
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DCAN-Labs/MSI-utilities#13 · 0 comentarios · 0 reacciones · 0 asignados ·
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list_manipulation Abierto
DCAN-Labs/MSI-utilities#14 · 0 comentarios · 0 reacciones · 1 asignado ·