remove dependency to neurondb.xml

This file is a BBP internal format. It may also contains informations that are unrelated to bluepymm such as repair instructions.
We should have a much simpler format for the end user.

まず、bluepymm が neurondb.xml のどこに依存しているか、またその形式がどのように解析または生成されているかを特定します。無関係な修復手順を除外した、エンドユーザー向けのより単純な形式の要件を決定します。bluepymm が BBP 内部形式に依存しなくなり、置換の動作がカバーされた時点で作業は完了です。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。