BlueBrain / BlueBrain/BluePyMM

memory issue in select with large number of combos

Aperta
#203 1 commento 0 reazioni 0 assegnatari Vedi su GitHub
Lingua principale
Python
Stelle
13
Fork
9
Metriche di merge delle PR
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Descrizione

It fails here: https://github.com/BlueBrain/BluePyMM/blob/master/bluepymm/select_combos/table_processing.py#L284
because the large dataframe is copied several times in the arg_list. There may be something simple to do here to fix that issue (or allow users to bypass multiprocessing).

Guida per i contributori

Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository

Direzione di ricerca

Inizia da bluepymm/select_combos/table_processing.py#L284 e segui come il grande dataframe viene copiato in arg_list durante il multiprocessing. Riproduci il malfunzionamento con un numero elevato di combinazioni e misura l’utilizzo della memoria. Il lavoro è completato quando si evitano le copie ripetute oppure si fornisce un modo documentato per bypassare il multiprocessing, mantenendo invariato il comportamento di selezione originale.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Valutazione

Stack tecnologico
python
Ambito
data
Tipo di issue
Bug
Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Stato di attività
Ferma
Chiarezza
Abbastanza chiara
Idoneità per principianti
35/100

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