BioDataFuse

Use case and database selection Đang mở

good first issue

BioDataFuse/biohackarvix-2025#1 · 2 bình luận · 0 reaction · 2 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

Schema analysis and shape extraction Đang mở

help wanted

BioDataFuse/biohackarvix-2025#2 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

Define intermediate object model for shapes Đang mở

help wanted

BioDataFuse/biohackarvix-2025#3 · 1 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

Define requirements to map data and object properties and data types Đang mở

help wanted

BioDataFuse/biohackarvix-2025#6 · 1 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

Goals for midterm presentation Đang mở

Reporting

BioDataFuse/biohackarvix-2025#7 · 0 bình luận · 0 reaction · 2 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

Write BioHackrXiv Đang mở

Reporting

BioDataFuse/biohackarvix-2025#9 · 1 bình luận · 0 reaction · 2 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

JS to manipulate rdf-config model svgs Đang mở

BioDataFuse/biohackarvix-2025#10 · 0 bình luận · 0 reaction · 1 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

Identify use cases from available SSSOM mappings Đang mở

BioDataFuse/biohackarvix-2025#11 · 0 bình luận · 0 reaction · 1 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

Update UI based on updates in package Đang mở

update required

BioDataFuse/biodatafuseUI#1 · 1 bình luận · 0 reaction · 1 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

Update UI docker Đang mở

update required

BioDataFuse/biodatafuseUI#2 · 1 bình luận · 0 reaction · 1 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

DisGeNet Đang mở

BioDataFuse/biodatafuseUI#8 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

Bgee Đang mở

BioDataFuse/biodatafuseUI#9 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

Clear the page when the input or request is changed in an earlier step Đang mở

BioDataFuse/biodatafuseUI#10 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

Clarify license/usage Đang mở

BioDataFuse/biodatafuseUI#22 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

RDF fixes Đang mở

bug rdf

BioDataFuse/biodatafuseUI#23 · 0 bình luận · 0 reaction · 1 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

Add a catalog with data source metadata Đang mở

documentation

BioDataFuse/biodatafuseUI#24 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

`QuotaExceededError` during /process Đang mở

BioDataFuse/biodatafuseUI#25 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

Silent mount aborts due to current out-in transition setup Đang mở

BioDataFuse/biodatafuseUI#29 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

Cytoscape view's _Download Style File_ not working (500) Đang mở

BioDataFuse/biodatafuseUI#31 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

annotator for chembl Đang mở

new annotator

BioDataFuse/pyBiodatafuse#15 · 2 bình luận · 0 reaction · 1 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

visualizing publication data from wikiannotator Đang mở

stats-visualization

BioDataFuse/pyBiodatafuse#17 · 2 bình luận · 0 reaction · 1 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

Support transcripts (Ensembl ID) as input Đang mở

input type

BioDataFuse/pyBiodatafuse#21 · 2 bình luận · 0 reaction · 1 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

annotator for OrthoDB Đang mở

new annotator

BioDataFuse/pyBiodatafuse#43 · 1 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

annotator for STITCH Db Đang mở

new annotator

BioDataFuse/pyBiodatafuse#50 · 2 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

enrich the metadata with the number of nodes and edges by each annotator Đang mở

stats-visualization

BioDataFuse/pyBiodatafuse#53 · 0 bình luận · 0 reaction · 1 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

annotator for LOVD Đang mở

new annotator

BioDataFuse/pyBiodatafuse#58 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

annotator for BioGRID Đang mở

new annotator

BioDataFuse/pyBiodatafuse#59 · 1 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

annotator for Pathway Commons Đang mở

new annotator

BioDataFuse/pyBiodatafuse#60 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

annotator for HIPPIE Đang mở

new annotator

BioDataFuse/pyBiodatafuse#61 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

annotator for RDF Portal Đang mở

new annotator

BioDataFuse/pyBiodatafuse#64 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

pykeen Đang mở

analyser

BioDataFuse/pyBiodatafuse#130 · 1 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

report on inputr with no ID mapping Đang mở

bug enhancement

BioDataFuse/pyBiodatafuse#132 · 0 bình luận · 0 reaction · 1 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

Integrating with transcriptomics efforts Đang mở

analyser

BioDataFuse/pyBiodatafuse#134 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

Adding new resource Pharos Đang mở

new annotator paused/on-hold

BioDataFuse/pyBiodatafuse#135 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

Preserve MoA field from source OpenTargets Đang mở

enhancement rdf update annotator

BioDataFuse/pyBiodatafuse#168 · 0 bình luận · 0 reaction · 2 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

Preserve the MedDRA IRIs for Adverse Events when querying OpenTargets Đang mở

enhancement rdf update annotator

BioDataFuse/pyBiodatafuse#169 · 0 bình luận · 0 reaction · 2 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

Include UniProt protein identifiers for each target gene Đang mở

enhancement rdf

BioDataFuse/pyBiodatafuse#177 · 1 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

Changing Pubchem API calls with BridgeDB Đang mở

biohack2024

BioDataFuse/pyBiodatafuse#188 · 0 bình luận · 0 reaction · 1 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

add annotator for Orphanet (using their API) Đang mở

biohack2024 new annotator

BioDataFuse/pyBiodatafuse#189 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

Adding the license of the individual databases Đang mở

enhancement

BioDataFuse/pyBiodatafuse#193 · 1 bình luận · 1 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

Fix ShEx diagram Đang mở

rdf

BioDataFuse/pyBiodatafuse#199 · 0 bình luận · 0 reaction · 1 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

`NA`, `np.nan`, and `pd.NA` are not valid JSON standard, return `null` instead Đang mở

bug update annotator

BioDataFuse/pyBiodatafuse#220 · 0 bình luận · 0 reaction · 1 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

Document how to export `rdflib Graph`s Đang mở

documentation

BioDataFuse/pyBiodatafuse#226 · 0 bình luận · 0 reaction · 1 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

Compound list not generating an accurate graph Đang mở

BioDataFuse/pyBiodatafuse#229 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

StringDB not working with non-human data anymore Đang mở

BioDataFuse/pyBiodatafuse#237 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

Simplify WikiPathways property graph predicates to match schema Đang mở

BioDataFuse/pyBiodatafuse#244 · 0 bình luận · 0 reaction · 1 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

Implement better testing for `id_mapper` Đang mở

id mapper

BioDataFuse/pyBiodatafuse#253 · 0 bình luận · 0 reaction · 1 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

Add compoundwiki version info to metadata Đang mở

BioDataFuse/pyBiodatafuse#269 · 0 bình luận · 0 reaction · 1 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

CTD Đang mở

enhancement

BioDataFuse/pyBiodatafuse#275 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

Installation under python 3.12 Đang mở

dependencies

BioDataFuse/pyBiodatafuse#278 · 1 bình luận · 0 reaction · 1 người được giao · Lập chỉ mục 14/9/2026

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn