BergelsonLab

please do merge into aclew Aperta

BergelsonLab/add_samples#2 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 14/9/2026

Add a README Aperta

help wanted

BergelsonLab/generate_all_bl#1 · 1 commento · 0 reazioni · 3 assegnatari · Indicizzata il 14/9/2026

allow user to ignore missing Seedlings files Aperta

BergelsonLab/blabpy#1 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 14/9/2026

write logs to the output directory, not the current one Aperta

BergelsonLab/blabpy#2 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 14/9/2026

zero-duration should be dealt with in the cha files, not in the code Aperta

BergelsonLab/blabpy#3 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 14/9/2026

unomment timestamp consistency checks Aperta

BergelsonLab/blabpy#4 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 14/9/2026

parallelize all seedlings-level pipeline operations Aperta

BergelsonLab/blabpy#6 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 14/9/2026

substitute logging for all prints Aperta

BergelsonLab/blabpy#7 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 14/9/2026

do not merge with basic level data on NA annotid Aperta

bug

BergelsonLab/blabpy#8 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 14/9/2026

remove listened_time._process_regions - not used anywhere Aperta

listen time

BergelsonLab/blabpy#10 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 14/9/2026

clean listened_time functions once we are done Aperta

listen time

BergelsonLab/blabpy#11 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 14/9/2026

clean up the logic of removing subregions with makeup/extra overlapping Aperta

listen time

BergelsonLab/blabpy#12 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 14/9/2026

deal with non-empty folder errors when running make_updated_basic_level_files Aperta

enhancement

BergelsonLab/blabpy#13 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 14/9/2026

refactor tests Aperta

BergelsonLab/blabpy#14 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 14/9/2026

add io functions for various csv files Aperta

BergelsonLab/blabpy#15 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 14/9/2026

use explicit NA for the pho column Aperta

BergelsonLab/blabpy#16 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 14/9/2026

path lookup should (?) all check that the path exists Aperta

BergelsonLab/blabpy#17 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 14/9/2026

vihi.paths: checking ids should be a decorator Aperta

refactor

BergelsonLab/blabpy#18 · 1 commento · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 14/9/2026

upload blabpy to a conda channel Aperta

BergelsonLab/blabpy#19 · 1 commento · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 14/9/2026

add function to easily concatenate dataframe Aperta

BergelsonLab/blabpy#20 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 14/9/2026

drop annotation count from blabpy.listen_time.preprocess_region_info Aperta

BergelsonLab/blabpy#21 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 14/9/2026

clean up "pipeline" modules Aperta

BergelsonLab/blabpy#22 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 14/9/2026

add missing fields to setup.py Aperta

BergelsonLab/blabpy#23 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 14/9/2026

add days_to_months function Aperta

BergelsonLab/blabpy#24 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 14/9/2026

remove caching from seedlings.paths Aperta

bug

BergelsonLab/blabpy#25 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 14/9/2026

write a `map_plus` function Aperta

BergelsonLab/blabpy#26 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 14/9/2026

pandas helper: where join Aperta

BergelsonLab/blabpy#27 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 14/9/2026

avoid printing traceback for console script errors Aperta

BergelsonLab/blabpy#29 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 14/9/2026

make git cloning progress bar prettier Aperta

good first issue

BergelsonLab/blabpy#31 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 14/9/2026

add `vihi annotation update-links` Aperta

BergelsonLab/blabpy#32 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 14/9/2026

CHA files function not working Aperta

BergelsonLab/blabpy#34 · 1 commento · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 14/9/2026

its.py new sub_recording column names Aperta

bug

BergelsonLab/blabpy#35 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 14/9/2026

big_aggregate missing documentation Aperta

BergelsonLab/blabr#7 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 14/9/2026

a function for by-kid, by-item cdi info Aperta

BergelsonLab/blabr#9 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 14/9/2026

get_windows needs to have an argument to set TargetOnset Aperta

BergelsonLab/blabr#10 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 14/9/2026

add Description to DESCRIPTION Aperta

long overdue

BergelsonLab/blabr#13 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 14/9/2026

add missing documentation (lots!) Aperta

BergelsonLab/blabr#14 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 14/9/2026

fix inconistent docs Aperta

might already be done

BergelsonLab/blabr#15 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 14/9/2026

add examples to functions Aperta

might already be done

BergelsonLab/blabr#16 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 14/9/2026

[possibly] switch to using roxygen for maintaining NAMESPACE Aperta

might already be done

BergelsonLab/blabr#17 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 14/9/2026

add `expect_column_hashes_to_be_equal` to `test-helpers.R` Aperta

might already be done refactor

BergelsonLab/blabr#20 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 14/9/2026

add `io.R` to have all read/write functions in one place Aperta

refactor

BergelsonLab/blabr#21 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 14/9/2026

sample_intervals_with_highest should stop if there are NAs Aperta

BergelsonLab/blabr#22 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 14/9/2026

fix assertthat assertions Aperta

bug might already be done

BergelsonLab/blabr#23 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 14/9/2026

rewrite calculate_lena_like_stats using add_lena_stats Aperta

might already be done

BergelsonLab/blabr#24 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 14/9/2026

teach prepare_intervals to output aclew-like intervals Aperta

enhancement

BergelsonLab/blabr#25 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 14/9/2026

clean up get_lena_speaker_stats Aperta

enhancement

BergelsonLab/blabr#26 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 14/9/2026

export public-facing functions Aperta

BergelsonLab/blabr#27 · 2 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 14/9/2026

get_pn_opus_path does not return anything Aperta

BergelsonLab/blabr#28 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 14/9/2026

update DESCRIPTION Aperta

BergelsonLab/blabr#29 · 0 commenti · 0 reazioni · 1 assegnatario · Indicizzata il 14/9/2026

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