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AllenNeuralDynamics
236 indexierte Repositories · Auf GitHub ansehen
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aind-ephys-pipeline
AIND pipeline for processing extracellular electrophysiology data
Nextflow · 41 Sterne
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aind-data-schema
A library that defines AIND data schema and validates JSON.
Python · 34 Sterne
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openscope-community-predictive-processing
This repository serves as a hub for community-driven contributions, documentation, and project tracking of the OpenScope Predictive Proce...
Python · 26 Sterne
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aind-ephys-spikesort-kilosort25-full
CodeOcean capsule for full electrophysiology analysis pipeline using Kilosort2.5 via SpikeInterface.
Python · 14 Sterne
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aind-large-scale-cellpose
Large-scale cell segmentation with cellpose.
Python · 10 Sterne
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Rhapso
An open-source Python toolkit for large-scale fluorescence microscopy data alignment and fusion.
Python · 9 Sterne
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dynamic-foraging-task
Bonsai/Harp workflow for Dynamic Foraging with Python GUI for visualization and control
Python · 7 Sterne
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aind-smartspim-pipeline
Repository that hosts the SmartSPIM pipeline code
Nextflow · 6 Sterne
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TigerASI
a lightweight python interface for ASI brand Tiger Controllers
Python · 5 Sterne
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wavpack-numcodecs
Numcodecs implementation of the WavPack audio codec
C · 5 Sterne
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anivia
Fork of VGG VIA to better support annotation of animal pose images
JavaScript · 4 Sterne
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harp.device.treadmill-driver
0326: a Harp-compatible device for controlling an instrumented mouse treadmill
Jupyter Notebook · 4 Sterne
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voxel-classic
General purpose microscope control repository
Python · 4 Sterne
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view
Model/View for exa-spim
Python · 4 Sterne
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harp.device.lickety-split
0360: an ephys-compliant capacitive lick detector
C++ · 4 Sterne
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runze-control
Python Driver for Aurora Pro Scientific (aka Runze Fluid) syringe pumps
Python · 4 Sterne
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parallax
Automatic detection of probe position from multiple camera views
Python · 4 Sterne
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aind-SmartSPIM-segmentation
segmentation module for SmartSPIM cloud pipeline
Python · 4 Sterne
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aind-smartspim-stitch
Stitching and fusion pipeline in the cloud
Python · 4 Sterne
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aind-smartspim-ccf-registration
Registration of lightsheet whole brain images to the Allen CCF V3 Atlas
Python · 4 Sterne
- 216 weitere Repositories liegen auf Auf GitHub ansehen
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enhancement
AllenNeuralDynamics/aind-codeocean-utils#30 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/aind-codeocean-utils#34 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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enhancement
AllenNeuralDynamics/aind-codeocean-utils#37 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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Make inputs generic Offen
AllenNeuralDynamics/aind-nwb-combine#4 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/aind-nwb-combine#5 · 3 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/AllenNeuralDynamics.HamamatsuCamera#3 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/AllenNeuralDynamics.HamamatsuCamera#4 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/neuron-tracing-utils#3 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/neuroglancer-chat#5 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/neuroglancer-chat#6 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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modify source images Offen
AllenNeuralDynamics/neuroglancer-chat#7 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/neuroglancer-chat#8 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/see-spot#2 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/see-spot#3 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/see-spot#4 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/see-spot#5 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/see-spot#6 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/see-spot#7 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/see-spot#8 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/see-spot#11 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/aind-neuron-reconstruction-io#2 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/aind-neuron-reconstruction-io#3 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/nmcp-snapshot-capsule#2 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/nmcp-snapshot-capsule#3 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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enhancement
AllenNeuralDynamics/nmcp-snapshot-capsule#7 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/aind-co-pipeline-monitor-capsule-all-users#1 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/harp.device.cuttlefish#6 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/harp.device.cuttlefish#9 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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good first issue
AllenNeuralDynamics/harp.device.cuttlefish#17 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/harp.device.cuttlefish#19 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/harp.device.cuttlefish#24 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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Interface Overhaul OffenMVP
AllenNeuralDynamics/harp.device.cuttlefish#31 · 4 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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firmware
AllenNeuralDynamics/harp.device.cuttlefish#33 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/harp.device.cuttlefish#34 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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Add a changelog.md Offen
AllenNeuralDynamics/harp.device.cuttlefish#36 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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hardware
AllenNeuralDynamics/harp.device.cuttlefish#38 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/harp.device.cuttlefish#43 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/aind-metadata-extractor#4 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/aind-metadata-extractor#34 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/aind-metadata-extractor#35 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/aind-metadata-extractor#36 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/aind-metadata-extractor#50 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/aind-flake8-extensions#4 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/aind-z1-radial-correction#5 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/aind-z1-radial-correction#8 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/aind-z1-radial-correction#11 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/aind-z1-radial-correction#14 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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bug
AllenNeuralDynamics/aind-large-scale-prediction#5 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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Add QC Offen
AllenNeuralDynamics/suitefp#3 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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Migrate Po-Chen's code Offen
AllenNeuralDynamics/aind-spurious-correlation#1 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 2 zugewiesene Personen ·