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AllenNeuralDynamics
236 indexierte Repositories · Auf GitHub ansehen
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aind-ephys-pipeline
AIND pipeline for processing extracellular electrophysiology data
Nextflow · 41 Sterne
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aind-data-schema
A library that defines AIND data schema and validates JSON.
Python · 34 Sterne
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openscope-community-predictive-processing
This repository serves as a hub for community-driven contributions, documentation, and project tracking of the OpenScope Predictive Proce...
Python · 26 Sterne
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aind-ephys-spikesort-kilosort25-full
CodeOcean capsule for full electrophysiology analysis pipeline using Kilosort2.5 via SpikeInterface.
Python · 14 Sterne
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aind-large-scale-cellpose
Large-scale cell segmentation with cellpose.
Python · 10 Sterne
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Rhapso
An open-source Python toolkit for large-scale fluorescence microscopy data alignment and fusion.
Python · 9 Sterne
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dynamic-foraging-task
Bonsai/Harp workflow for Dynamic Foraging with Python GUI for visualization and control
Python · 7 Sterne
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aind-smartspim-pipeline
Repository that hosts the SmartSPIM pipeline code
Nextflow · 6 Sterne
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TigerASI
a lightweight python interface for ASI brand Tiger Controllers
Python · 5 Sterne
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wavpack-numcodecs
Numcodecs implementation of the WavPack audio codec
C · 5 Sterne
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anivia
Fork of VGG VIA to better support annotation of animal pose images
JavaScript · 4 Sterne
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harp.device.treadmill-driver
0326: a Harp-compatible device for controlling an instrumented mouse treadmill
Jupyter Notebook · 4 Sterne
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voxel-classic
General purpose microscope control repository
Python · 4 Sterne
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view
Model/View for exa-spim
Python · 4 Sterne
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harp.device.lickety-split
0360: an ephys-compliant capacitive lick detector
C++ · 4 Sterne
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runze-control
Python Driver for Aurora Pro Scientific (aka Runze Fluid) syringe pumps
Python · 4 Sterne
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parallax
Automatic detection of probe position from multiple camera views
Python · 4 Sterne
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aind-SmartSPIM-segmentation
segmentation module for SmartSPIM cloud pipeline
Python · 4 Sterne
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aind-smartspim-stitch
Stitching and fusion pipeline in the cloud
Python · 4 Sterne
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aind-smartspim-ccf-registration
Registration of lightsheet whole brain images to the Allen CCF V3 Atlas
Python · 4 Sterne
- 216 weitere Repositories liegen auf Auf GitHub ansehen
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AllenNeuralDynamics/aind-data-transfer-lite#23 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/aind-data-transfer-lite#29 · 5 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/aind-data-transfer-lite#31 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/aind-data-transfer-lite#33 · 3 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/aind-data-transfer-lite#34 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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enhancement
AllenNeuralDynamics/aind-large-scale-cellpose#2 · 1 Kommentar · 1 Reaktion · 1 zugewiesene Person ·
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enhancement
AllenNeuralDynamics/aind-large-scale-cellpose#7 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 2 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/aind-large-scale-cellpose#11 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/aind-large-scale-cellpose#13 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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blocked
AllenNeuralDynamics/voxel-classic#9 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/voxel-classic#14 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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Refactor stage class Offen
AllenNeuralDynamics/voxel-classic#25 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/voxel-classic#27 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/voxel-classic#29 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/voxel-classic#36 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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FilterWheel Refactor Offen
AllenNeuralDynamics/voxel-classic#45 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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Refactor DAQ Driver Offen
AllenNeuralDynamics/voxel-classic#71 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/voxel-classic#72 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/allen-powerplatform-client#15 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/allen-powerplatform-client#21 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/aind-smartspim-transform-utils#4 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/AutoTomeQC#4 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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enhancement
AllenNeuralDynamics/AutoTomeQC#5 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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GUI Offen
AllenNeuralDynamics/AutoTomeQC#27 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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Use log-schema Offen
AllenNeuralDynamics/AutoTomeQC#29 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/aind-dynamic-foraging-qc#29 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/aind-dynamic-foraging-qc#30 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/aind-dynamic-foraging-qc#31 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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Harp timestamp gaps Offen
AllenNeuralDynamics/aind-dynamic-foraging-qc#32 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/aind-dynamic-foraging-qc#37 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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bug
AllenNeuralDynamics/aind-dynamic-foraging-qc#44 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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Release package to pypi Offen
AllenNeuralDynamics/aind-hcr-data-transformation#15 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/aind-hcr-data-transformation#22 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/aind-hcr-data-transformation#32 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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Update processing to v2 Offen
AllenNeuralDynamics/aind-hcr-data-transformation#33 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/Aind.Behavior.IsoForce#2 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/Aind.Behavior.IsoForce#3 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/Aind.Behavior.IsoForce#10 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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Show touch signals Offen
AllenNeuralDynamics/Aind.Behavior.IsoForce#11 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/aind-hcr-data-loader#2 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/aind-hcr-data-loader#5 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/aind-ephys-spikesort-kilosort4#12 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/CTL-conditioned-mean-response#1 · 4 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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add logging module Offen
AllenNeuralDynamics/aind-capsule-template#14 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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automatic versioning Offen
AllenNeuralDynamics/aind-capsule-template#15 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
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AllenNeuralDynamics/LCNE-patchseq-analysis#28 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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Publication-standards Offen
AllenNeuralDynamics/LCNE-patchseq-analysis#29 · 3 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/LC-somatodendritic-morphology#1 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/device-spinner#2 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
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AllenNeuralDynamics/device-spinner#5 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·