AllenNeuralDynamics / AllenNeuralDynamics/aind-SmartSPIM-segmentation

Initialize Neuroglancer at t=0 to avoid odd behavior

Đang mở
#21 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub
Ngôn ngữ chính
Python
Star
4
Fork
1
Merge trung bình
4 ngày 4 giờ
Pull request đã merge (30 ngày)
1

Mô tả

Viewer links for the cell segmentation states behave differently than the stitched volume links. See [here](https://github.com/google/neuroglancer/issues/772).

This boils down to the initial position of the viewer being at t=0.5. When a user presses z to snap a rotation to the nearest data-aligned axes, the time axis snaps to t=1, which is out of bounds for the zarr volume and causes the image to disappear.

The nglink functions used to create the stitched volume link must take care of this, since the behavior is not observed there. I think the position can easily be added here:
https://github.com/AllenNeuralDynamics/aind-SmartSPIM-segmentation/blob/4d6b2495bbcf442c547dd73e0d227e88ff93a72e/code/aind_smartspim_segmentation/segmentation.py#L318

Hướng dẫn đóng góp

Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này

Đánh giá

Issue này chưa được đánh giá.

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.