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A plugin that enables image segmentation provided by Allen Institute for Cell Science

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Dynamics of ML-based morphological features indicate a shear stress-dependent bifurcation of hiPSC-derived endothelial cell states

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Cell catalog 2.0

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オープンすべて

オープンの issue を 465 件索引しました

No feedback when channel extraction fails オープン

bug

AllenCell/allencell-segmenter-ml#395 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月13日に索引
Refactor: use built-in types as annotations where available オープン

low priority refactor

AllenCell/allencell-segmenter-ml#399 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
Auto-load csv when switching from curation to training オープン

🚨 high priority🚨

AllenCell/allencell-segmenter-ml#400 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月13日に索引
multiple segmentations on curation should be displayed as different colors オープン

🚨 high priority🚨

AllenCell/allencell-segmenter-ml#401 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月13日に索引
Images loaded during curation should not be visible during training/prediction. オープン

🚨 high priority🚨 bug

AllenCell/allencell-segmenter-ml#402 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月13日に索引
Refactor state management for main tabs オープン

refactor

AllenCell/allencell-segmenter-ml#404 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 3 名 · 2026年9月13日に索引
[1.2] Allow model downloads from s3 bucket オープン

🚨 high priority🚨

AllenCell/allencell-segmenter-ml#411 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月13日に索引
Bug: invalid literal for int() with base 10: '' オープン

🚨 high priority🚨 bug

AllenCell/allencell-segmenter-ml#424 · コメント 1 件 · リアクション 0 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月13日に索引
Method for releasing tag to PyPI オープン

🚨 high priority🚨

AllenCell/allencell-segmenter-ml#425 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月13日に索引
Warning when dependencies change on release オープン

low priority

AllenCell/allencell-segmenter-ml#426 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
Training service tests オープン

medium priority

AllenCell/allencell-segmenter-ml#430 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月13日に索引
UI/UX: Styling: Update buttons' color オープン

🚨 high priority🚨 UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#432 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月13日に索引
UI/UX: Spacing オープン

🚨 high priority🚨 UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#433 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月13日に索引
Bug - minor: "Training finished" dialog pops up instead of a warning dialog notifying user's input error オープン

🚨 high priority🚨 refactor UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#438 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月13日に索引
Training: Patch Size input - enforce value of x, y, and z to be multiples of 4 オープン

🚨 high priority🚨 UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#439 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月13日に索引
Training: Training Progress dialog: display final loss value オープン

🚨 high priority🚨 UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#440 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月13日に索引
UX: user support: Add guidance to get start オープン

needs prioritization UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#442 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
[Pre-release] Rename to allencell-segmenter-ml オープン

AllenCell/allencell-segmenter-ml#447 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月13日に索引
Batch Size: A reasonable default and potential safeguards オープン

AllenCell/allencell-segmenter-ml#451 · コメント 2 件 · リアクション 0 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月13日に索引
Use TaskExecutor instead of doWork for long-running tasks オープン

refactor

AllenCell/allencell-segmenter-ml#452 · コメント 6 件 · リアクション 0 件 · 担当者 3 名 · 2026年9月13日に索引
Display prediction results correctly for on-screen images オープン

🚨 high priority🚨 bug

AllenCell/allencell-segmenter-ml#456 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月13日に索引
Require >= 4 images in dataset オープン

AllenCell/allencell-segmenter-ml#457 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月13日に索引
Using prediction with previously selected output folder オープン

AllenCell/allencell-segmenter-ml#467 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月13日に索引
If a mask is created but not saved, show a warning dialog box オープン

AllenCell/allencell-segmenter-ml#468 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月13日に索引
Canceling training run while running freezes app オープン

🚨 high priority🚨 bug wontfix

AllenCell/allencell-segmenter-ml#469 · コメント 7 件 · リアクション 0 件 · 担当者 2 名 · 2026年9月13日に索引
Move IO off of main thread in prediction オープン

refactor

AllenCell/allencell-segmenter-ml#470 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
Document environment requirements オープン

🚨 high priority🚨 needs clarification

AllenCell/allencell-segmenter-ml#475 · コメント 1 件 · リアクション 0 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月13日に索引
Reformat make file オープン

AllenCell/allencell-segmenter-ml#484 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月13日に索引
Decide on dev version protocol オープン

AllenCell/allencell-segmenter-ml#490 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月13日に索引
Check for compatible cuda and pytorch version and show dialog box with instructions if needed オープン

🚨 high priority🚨

AllenCell/allencell-segmenter-ml#491 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月13日に索引
Model metadata オープン

🚨 high priority🚨 UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#492 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
write documentation for installing a compatible version of pytorch and cuda オープン

🚨 high priority🚨

AllenCell/allencell-segmenter-ml#493 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月13日に索引
napari bundled app install investigation オープン

🚨 high priority🚨 needs clarification

AllenCell/allencell-segmenter-ml#494 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月13日に索引
Thresholding UI オープン

🚨 high priority🚨 UI/UX

AllenCell/allencell-segmenter-ml#495 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月13日に索引
Create a cytoparam class オープン

enhancement

AllenCell/aics-cytoparam#3 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月13日に索引
Replace mem and dna aliases オープン

enhancement

AllenCell/aics-cytoparam#4 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月13日に索引
Share our scale factors for making the pointclounds from sdf オープン

AllenCell/benchmarking_representations#71 · コメント 2 件 · リアクション 0 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月13日に索引
Rewrite confusing model training instructions オープン

AllenCell/benchmarking_representations#87 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月13日に索引
Document new classification and LDA drug analysis オープン

AllenCell/benchmarking_representations#88 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月13日に索引
Question about size mismatch and alignment of segmentation volumes in NPM1_single_cell_drug_perturbations オープン

AllenCell/benchmarking_representations#93 · コメント 2 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
add notice about installing jupyter notebook to use demo オープン

documentation

AllenCell/segmenter_model_zoo#10 · コメント 2 件 · リアクション 0 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月13日に索引
Cell-detector installation failed オープン

WIP

AllenCell/segmenter_model_zoo#14 · コメント 6 件 · リアクション 0 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月13日に索引
refactor with pytorch-lightning オープン

enhancement

AllenCell/aics-ml-segmentation#5 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 2 名 · 2026年9月13日に索引
support models and loss function from monai オープン

enhancement

AllenCell/aics-ml-segmentation#6 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月13日に索引
uuse TorchIO for 3D transformation オープン

enhancement

AllenCell/aics-ml-segmentation#7 · コメント 0 件 · リアクション 1 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月13日に索引
add model unet_xy_zoom_pad オープン

enhancement

AllenCell/aics-ml-segmentation#8 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月13日に索引
add documentation オープン

documentation

AllenCell/aics-ml-segmentation#9 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 2 名 · 2026年9月13日に索引
new sliding window inference オープン

enhancement

AllenCell/aics-ml-segmentation#10 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月13日に索引
Finalize Publish action, migrate back to AllenCell オープン

AllenCell/aics-ml-segmentation#13 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月13日に索引
update README オープン

AllenCell/allencell-segmenter-ml#497 · コメント 1 件 · リアクション 0 件 · 担当者 4 名 · 2026年9月13日に索引

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