Owner
AllenCell
20 indexierte Repositories · Auf GitHub ansehen
-
vole-core
core rendering canvas and data loading services for Vol-E volume viewer
TypeScript · 106 Sterne
-
agave
High quality visualization for volumetric image data
C++ · 62 Sterne
-
Python · 32 Sterne
-
Python · 32 Sterne
-
aics-segmentation
Part 1 of Allen Cell and Structure Segmenter: classic image segmentation workflow
Jupyter Notebook · 26 Sterne
-
cvapipe_analysis
Analysis of data produced by cvapipe for the variance paper
Jupyter Notebook · 24 Sterne
-
Python · 24 Sterne
-
napari-allencell-segmenter
A plugin that enables image segmentation provided by Allen Institute for Cell Science
Python · 20 Sterne
-
segmenter_model_zoo
scripts and API for running Deep Learning models from segmenter
Jupyter Notebook · 10 Sterne
-
Python · 7 Sterne
-
benchmarking_representations
Benchmarking different methods for extracting unsupervised representations from images
Python · 7 Sterne
-
allencell-segmenter-ml
Napari plugin for ml segmentation
Python · 5 Sterne
-
endothelial-pipeline
Dynamics of ML-based morphological features indicate a shear stress-dependent bifurcation of hiPSC-derived endothelial cell states
Python · 2 Sterne
-
cell-feature-explorer
Plot and explore data that is linked to images, with an embedded viewer
TypeScript · 2 Sterne
-
EMT_data_analysis
This repo contains code for EMT deliverable data analysis and has dependencies associated with output from EMT_image_analysis repo.
Python · 1 Stern
-
Python · 0 Sterne
-
camera-alignment-core
Core algorithms for alignment of two-camera microscopy imagery
Python · 0 Sterne
-
cellpack-client
Frontend interface for cellPACK
TypeScript · 0 Sterne
-
cell-catalog
Cell catalog 2.0
TypeScript · 0 Sterne
-
TypeScript · 0 Sterne
-
AllenCell/aics-segmentation#14 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
-
AllenCell/aics-segmentation#17 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
-
AllenCell/aics-segmentation#21 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
-
enhancement
AllenCell/aics-segmentation#27 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
-
enhancement
AllenCell/aics-segmentation#71 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
-
AllenCell/aics-segmentation#77 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
-
AllenCell/aics-segmentation#83 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
-
AllenCell/aics-segmentation#88 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
-
AllenCell/aics-segmentation#93 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
-
AllenCell/cvapipe_analysis#60 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
-
AllenCell/cvapipe_analysis#82 · 5 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
-
AllenCell/aics-shparam#22 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
-
Feature request: expose mesh-based API (get_shcoeffs_from_mesh / get_shcoeffs_from_vertices_faces) Offen
AllenCell/aics-shparam#23 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
-
AllenCell/allencell-segmenter-ml#11 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
-
blocked
AllenCell/allencell-segmenter-ml#86 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
-
Napari integration test Offen
AllenCell/allencell-segmenter-ml#100 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
-
AllenCell/allencell-segmenter-ml#162 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
-
AllenCell/allencell-segmenter-ml#170 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
-
AllenCell/allencell-segmenter-ml#190 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
-
AllenCell/allencell-segmenter-ml#201 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
-
AllenCell/allencell-segmenter-ml#204 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
-
low priority refactor
AllenCell/allencell-segmenter-ml#205 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
-
AllenCell/allencell-segmenter-ml#210 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
-
AllenCell/allencell-segmenter-ml#218 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
-
low priority
AllenCell/allencell-segmenter-ml#221 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
-
AllenCell/allencell-segmenter-ml#223 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
-
wontfix
AllenCell/allencell-segmenter-ml#225 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
-
Curation save csv button Offen🚨 high priority🚨
AllenCell/allencell-segmenter-ml#227 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
-
duplicate wontfix
AllenCell/allencell-segmenter-ml#229 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
-
Test using pyside Offen🚨 high priority🚨
AllenCell/allencell-segmenter-ml#230 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
-
low priority refactor
AllenCell/allencell-segmenter-ml#231 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
-
low priority refactor
AllenCell/allencell-segmenter-ml#234 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
-
🚨 high priority🚨 bug
AllenCell/allencell-segmenter-ml#248 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
-
🚨 high priority🚨
AllenCell/allencell-segmenter-ml#250 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
-
Reorder the module tabs Offenmedium priority UI/UX
AllenCell/allencell-segmenter-ml#255 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
-
medium priority UI/UX
AllenCell/allencell-segmenter-ml#256 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
-
🚨 high priority🚨 UI/UX
AllenCell/allencell-segmenter-ml#261 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
-
🚨 high priority🚨 needs clarification UI/UX
AllenCell/allencell-segmenter-ml#262 · 3 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
-
🚨 high priority🚨 UI/UX
AllenCell/allencell-segmenter-ml#263 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
-
🚨 high priority🚨 UI/UX
AllenCell/allencell-segmenter-ml#265 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
-
Curation UI: load only structure channel in the raw image if the image is a multi-channel file Offenneeds clarification UI/UX
AllenCell/allencell-segmenter-ml#266 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
-
medium priority needs clarification UI/UX
AllenCell/allencell-segmenter-ml#267 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
-
bug needs clarification UI/UX
AllenCell/allencell-segmenter-ml#268 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
-
medium priority UI/UX
AllenCell/allencell-segmenter-ml#269 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
-
UI/UX
AllenCell/allencell-segmenter-ml#270 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 2 zugewiesene Personen ·
-
medium priority UI/UX
AllenCell/allencell-segmenter-ml#271 · 4 Kommentare · 0 Reaktionen · 2 zugewiesene Personen ·
-
medium priority UI/UX
AllenCell/allencell-segmenter-ml#272 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 2 zugewiesene Personen ·
-
low priority UI/UX
AllenCell/allencell-segmenter-ml#273 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen ·
-
🚨 high priority🚨 UI/UX
AllenCell/allencell-segmenter-ml#274 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·
-
🚨 high priority🚨 UI/UX
AllenCell/allencell-segmenter-ml#275 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person ·