Auto3Dseg cuda OOM during Ensembling

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评估

难度
4/5
预计耗时
3-5 天
新手友好度
30/100
Issue 类型
缺陷
描述清晰度
需要澄清
活跃度
停滞
技术栈
jupyter-notebook, python, pytorch

调研方向

从 Autorunner 的 ensembling 路径开始,使用 issue 中列出的版本和环境在 AMOS22 数据集上复现该故障。未指定源文件或测试;当 ensembling 在没有 CUDA out-of-memory 错误的情况下完成,并且训练成功继续进行时,即视为完成。

由索引模型根据 Issue 内容生成。

描述

Describe the bug
Models have all finished training, and during the ensembling process, cuda runs out of memory.

Reproduce
Steps to reproduce the behavior:
Run Autorunner on AMOS22 dataset

manually resetting cuda cache, restarting kernel and instance all come back to this error.

Expected behavior
training proceeds without error
MONAI version: 1.2.0
Numpy version: 1.25.2
Pytorch version: 2.0.1+cu117
MONAI flags: HAS_EXT = False, USE_COMPILED = False, USE_META_DICT = False
MONAI rev id: c33f1ba588ee00229a309000e888f9817b4f1934
MONAI file: /home/exouser/.local/lib/python3.10/site-packages/monai/init.py

Optional dependencies:
Pytorch Ignite version: 0.4.11
ITK version: 5.3.0
Nibabel version: 5.1.0
scikit-image version: 0.21.0
Pillow version: 9.0.1
Tensorboard version: 2.14.0
gdown version: 4.7.1
TorchVision version: 0.15.2+cu117
tqdm version: 4.66.1
lmdb version: 1.4.1
psutil version: 5.9.0
pandas version: 2.0.3
einops version: 0.6.1
transformers version: 4.21.3
mlflow version: 2.6.0
pynrrd version: 1.0.0

Environment (please complete the following information):
OS: ubuntu 22.04
Python 3.10.12
Driver Version: 525.85.05 CUDA Version: 12.0
GRID A100X-40C - 125GB RAM

image image

I'm happy to provide any other logs to help, this is the second time I've run into this issue, the issue persists after a full kernel restart and RAM clearing.

主要语言
Jupyter Notebook
星标
2.5k
派生
803
平均合并
6 天 22 小时
30 天内合并 PR
3

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