Data preparation for MAISI tutorial is wrong for non-RAS data

Đang mở
#2,012 1 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
3/5
Thời gian dự kiến
1-2 ngày
Mức phù hợp với người mới
55/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Đặc tả rõ ràng
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
python
Lĩnh vực
machine-learning

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu tại generation/maisi/scripts/diff_model_create_training_data.py, khoảng dòng 199, và kiểm tra cách plain_transforms định hướng lại các ảnh không phải RAS trước khi kích thước được ghi nhận. Xác minh rằng kích thước được sử dụng để chuẩn bị dữ liệu huấn luyện phản ánh ảnh đã được định hướng lại, sau đó chạy các bước kiểm tra chuẩn bị dữ liệu có sẵn trong tutorial để xác nhận rằng các đầu vào không phải RAS tạo ra kích thước chính xác.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

https://github.com/Project-MONAI/tutorials/blob/8b90a16d82a463551d81dd4da200f3d406c6843e/generation/maisi/scripts/diff_model_create_training_data.py#L199

In the data preparation, the plain_transforms uses monai.transforms.Orientationd(keys="image", axcodes="RAS"), to reorient the image, but the new dimension is set using plain_transforms({"image": os.path.join(args.data_base_dir, filepath)})["image"].meta["dim"][_i] which has the original dimension, not the new dimension.

Ngôn ngữ chính
Jupyter Notebook
Star
2.5k
Fork
803
Merge trung bình
6 ngày 22 giờ
Pull request đã merge (30 ngày)
3

Hướng dẫn đóng góp

Mở hướng dẫn đóng góp

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của Project-MONAI/tutorials

Tất cả issue của Project-MONAI/tutorials

Issue tương tự

Thêm issue về Machine Learning

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.