Map dgCmatrix as integer sparse matrix

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Avaliação

Dificuldade
5/5
Tempo estimado
Mais de uma semana
Facilidade para iniciantes
25/100
Tipo de issue
Funcionalidade
Clareza
Precisa de esclarecimento
Status de atividade
Estagnada
Stack de tecnologia
r
Domínio
data

Direção de pesquisa

Start with the RcppEigen sparse-matrix mapping entry points used by Eigen::Map and the dgCmatrix/ngCmatrix types described in the issue. Determine whether integer mapping avoids deep copies and define what support for ngCmatrix would require; done should include verified behavior and coverage for the requested mapping.

Escrita pelo modelo de indexação a partir do texto da issue.

Descrição

Dear developers,

I have a dgCmatrix in R and want to call a function as below in cpp to deal with it.

Eigen::SparseMatrix calc_overlap(Eigen::Map<Eigen::SparseMatrix<int>>& cc_adj,
Eigen::Map<Eigen::SparseMatrix<int>>& cg_adj,
double threshold) {
Eigen::SparseMatrix<int> overlap_mat_all = cc_adj * cg_adj;
return overlap_mat_all;
}

The dgCmatrix 'cc_adj' and 'cg_adj' in R are large sparse matrices with integer values. I want to calculate the product of them by cpp. I used 'Map' to get rid of deep copies of these two large matrices. The scalar <int> is used to save memory. There is no error raised up when mapping to a dgCmatrix with <int>. but I'm not sure how it's working exactly. I guess the function makes deep copies instead, so the mapping doesn't work at all. Is it right?

My concern is that since you only allow mapping to dgCmatrix format sparse matrix for now, is there any possibility that you could wrap up a function to deal with 'ngCmatrix'?

Looking forward to your kind reply.

Linguagem predominante
C++
Estrelas
118
Forks
43
Nenhum PR com merge em 30d

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