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R ggplotly to Python plotly conversion issues (with beginnings of a possible fix)

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community feature P2
Lingua principale
Python
Stelle
18.8k
Fork
2.8k
Merge medio
16h 26m
PR unite (30g)
21

Descrizione

Hello Plotly team! I want to make graphs in R’s ggplotly and then run existing Plotly Python code to reformat them. However, I’m getting errors when importing a ggplotly JSON created in R into Plotly in Python.

To fix these errors, I have to resort to either running code to fix them in the JSON (2a below) or setting pio.read_json()’s skip_invalid parameter to true (2b below). , I believe the JSON is valid because 1) The JSON renders correctly in Plotly.js 2) The JSON comes from simple graphs made in ggplotly.

R code:

library(ggplot2)
library(plotly)

# Data
a = data.frame(x = (0:4), y = c(2, 4, 1, 6, 8), group="A")
b = data.frame(x = (0:4), y = c(3, 2, 5, 4, 7), group="B")
data <- rbind(a, b)

# Graph 
fig <- ggplot(data, aes(x, y, color = group)) + geom_line()

#Convert to ggplotly, save as JSON, and export
fig_ggplotly <- ggplotly(fig)
fig_ggplotly_json<-plotly_json(fig_ggplotly, FALSE)
write(fig_ggplotly_json,'fig_ggplotly.json')

2a: Python code - Errors when using json.load( )

import json
import sys

with open(“fig_ggplotly.json", "r") as f:
    fig_ggplotly_json = json.load(f)
print(fig_ggplotly_json)

go.Figure(fig_ggplotly_json) # throws errors; solved with ggplotly_to_plotly.py 

 # Example of invalid parameter:  
fig_ggplotly_json['layout']['font']['family'] # shows value as ‘’. Does not throw error.

2b: Python code - Using pio.read_json() with skip_invalid=True

import json
import sys
import plotly.io as pio

with open("fig_ggplotly.json", "r") as f:
    fig_ggplotly_pio = pio.read_json(f, skip_invalid=True)

# Example of invalid parameter that gets completely eliminated using skip_invalid, causing later issues:   
fig_ggplotly_pio.to_dict()['layout']['font']['family'] #throws KeyError

Skipping elements of the JSON seems to be inviting a loss of fidelity. Indeed, the reformatting code I apply has issues handling some elements due to the skipped invalid parameters. I’ve identified a number of specific elements that are not compatible with Plotly.py and would appreciate it if Plotly.py were to handle this valid input correctly. The ggplotly_to_plotly conversion code, which highlights many of the problem areas for basic graphs, can be found here.

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Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

Direzione di ricerca

Inizia riproducendo l’esportazione R ggplotly fornita e importandola con pio.read_json() e go.Figure() di Python. Leggi il gist collegato ggplotly_to_plotly.py per individuare le incompatibilità identificate. Il lavoro è completato quando i JSON ggplotly compatibili vengono importati senza skip_invalid=True, preservando campi come layout.font.family.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Valutazione

Stack tecnologico
python, r
Ambito
data-visualization
Tipo di issue
Bug
Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Stato di attività
Ferma
Chiarezza
Da chiarire
Idoneità per principianti
35/100

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